Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  Place to document instructions for how to do things  ELOG logo
 New |  Find |  Select |  Import |  Config |  Last day |  Help 
 Full | Summary | Threaded | Collapse | Expand  Show only new entries   Error: Attribute "Type" for quick filter not found  50 Entries 
Selected entries: 
Entry  Wed Jun 12 12:10:05 2024, Jacob Weiler, How to install AraSim on OSC, Software 
# Installing AraSim on OSC

Readding this because I realized it was deleted when I went looking for it 
Entry  Thu Sep 14 22:30:06 2023, Jason Yao, How to profile a C++ program, Software hello_world.cppmake_hello_world
This guide is modified from section (d) of the worksheet inside Module 10 of Phys 6810 Computational Physics (Spring 2023).

NOTE: gprof does not work on macOS. Please use a linux machine (such as OSC)

To use gprof, compile and link the relevant codes with the -pg option:
Entry  Thu Jun 8 16:29:45 2023, Alan Salcedo , Doing IceCube/ARA coincidence analysis,  IceCube_ARA_Coincidence_Analysis___Technical_Note.pdfICARA_Coincident_Events_Introduction.pptxICARA_Analysis_Template.ipynbIceCube_Relative_to_ARA_Stations.ipynb
These documents contain information on how to run IceCube/ARA coincidence simulations and analysis. All technical information of where codes are stored
and how to use them is detailed in the technical note. Other supportive information for physics understanding is in the powerpoint slides. The technical
note will direct you to other documents in this elog in the places where you may need supplemental information.
Entry  Mon Apr 24 11:51:42 2023, William Luszczak, PUEO simulation stack installation instructions, Software 
These are instructions I put together as I was first figuring out how to compile PueoSim/NiceMC. This was originally done on machines running CentOS
7, however has since been replicated on the OSC machines (running RedHat 7.9 I think?). I generally try to avoid any `module load` type prerequisites,
instead opting to compile any dependencies from source. You _might_ be able to get this to work by `module load`ing e.g. fftw, but try this at your own
Entry  Tue Aug 2 14:34:15 2022, Alex M, OSC License Request,  User_Software_Agreement.pdf
Some programs on OSC require authorized access to use in the form of a license. The license will be automatically read if it is available
whenever you open a program on OSC, provided you have access to the license. In order to have access to a license, you need to fill out the attached form
and send it to Amy to forward to OSC. Available programs (at least some of) which require a license can be found here: https://www.osc.edu/resources/available_software/software_list
Entry  Fri Feb 4 13:06:25 2022, William Luszczak, "Help! AnitaBuildTools/PueoBuilder can't seem to find FFTW!", Software 
Disclaimer: This might not be the best solution to this problem. I arrived here after a lot of googling and stumbling across this thread with a similar
problem for an unrelated project: https://github.com/xtensor-stack/xtensor-fftw/issues/52. If you're someone who actually knows cmake, maybe you have
a better solution.
Entry  Fri Feb 28 13:09:53 2020, Justin Flaherty, Installing anitaBuildTools on OSC-Owens (Revised 2/28/2020),  
 
Entry  Fri Jan 31 10:43:52 2020, Jorge Torres, Mounting ARA software on OSC through CernVM File System, Software 
OSC added ARA's CVMFS repository on Pitzer and Owens. This has been already done in UW's cluster thanks to Ben Hokanson-Fasig and Brian Clark. With CVMFS,
all the dependencies are compiled and stored in a single folder (container), meaning that the user can just source the paths to the used environmental
variables and not worry about installing them at all. This is very useful, since it usually takes a considerable amount of time to get those dependencies
Entry  Tue Nov 5 16:22:16 2019, Keith McBride, NASA Proposal fellowships, Other 
Here is a useful link for astroparticle grad students related proposals from NASA:

 

https://nspires.nasaprs.com/external/solicitations/summary.do?solId=%7BE16CD59F-29DD-06C0-8971-CE1A9C252FD4%7D&path=&method=init
Entry  Fri Oct 11 13:43:35 2019, Amy , How to start a new undergrad hire, Other 
If an undergrad has been working with the group on a volunteer basis, they will need that clarified, so that they have not up to then we working for
pay without training.  There is a form that they sign saying they have been working as a volunteer.

Below is an email that Pam sent in July 2019 outlining what they need.  Other things to remember:
Entry  Thu Jul 25 16:50:43 2019, Dustin Nguyen, Advice (not mine) on writing HEP stuff , Other thesis-writing-gotchas.pdf
PDF of advice by Andy Buckley (U Glasgow) on writing a HEP thesis (and presumably HEP papers too) that was forwarded by John Beacom to the
CCAPP mailing list a few months back. 
Entry  Thu Jul 11 10:05:37 2019, Justin Flaherty, Installing PyROOT for Python 3 on Owens, Software 
In order to get PyROOT working for Python 3, you must build ROOT with a flag that specifies Python 3 in the installation.  This method will create
a folder titled root-6.16.00 in your current directory, so organize things how you see fit. Then the steps are relatively
simple:
Entry  Wed May 15 00:38:54 2019, Brian Clark, Get a quick start with AraSim on osc, Software 8x
Follow the instructions in the attached "getting_started_with_ara.pdf" file to download AraSim, compile it, generate results, and plot those
results.
Entry  Tue May 14 10:38:08 2019, Amy , Getting started with AraSim, Software intro_to_qc.pdfScreenshot_from_2019-05-14_10-54-48.pngScreenshot_from_2019-05-14_10-56-19.png
Attached is a set of slides on Getting Started with QC, a simulation monitoring project.  It has instructions on getting started in using a terminal
window, and downloading, compiling and running AraSim, the simulation program for the ARA project.  AraSim has moved from the SVN repository to github,
and so now you should be able to retrieve it, compile it using:
Entry  Mon Mar 4 14:11:07 2019, Jorge Torres, Submitting arrays of jobs on OSC, Analysis 
PBS has the option of having arrays of jobs in case you want to easily submit multiple similar jobs. The only difference in them is the array
index, which you can use in your PBS script to run each task with a different set of input arguments, or any other operation that requires a unique index.

You need to add the following lines to your submitter file:
Entry  Tue Feb 26 19:07:40 2019, Lauren Ennesser, Valgrind command to suppress ROOT warnings,  
valgrind --suppressions=$ROOTSYS/etc/valgrind-root.supp ./myCode

If you use valgrind to identify potential memory leaks in your code, but use a lot of ROOT objects and functions, you'll notice that ROOTs
TObjects trigger a lot of "potential memory leak" warnings. This option will suppress many of those. More info at https://root-forum.cern.ch/t/valgrind-and-root/2ss8506
Entry  Tue Feb 26 16:19:20 2019, Julie Rolla, All of the group GitHub account links, Software 
ANITA Binned Analysis: https://github.com/osu-particle-astrophysics/BinnedAnalysis

GENETIS Bicone: https://github.com/mclowdus/BiconeEvolution

GENETIS Dipole: https://github.com/hchasan/XF-Scripts
Entry  Mon Feb 11 21:58:26 2019, Brian Clark, Get a quick start with icemc on OSC, Software 7x
Follow the instructions in the attached "getting_started_with_anita.pdf" file to download icemc, compile it, generate results, and plot those
results.
Entry  Mon Dec 17 21:16:31 2018, Brian Clark, Run over many data files in parallel,  demo.cxxrun.shrun_list.txtsubmit_jobs.sh
To analyze data, we sometimes need to run over many thousands of runs at once. To do this in parallel, we can submit a job for every run we want to do.
This will proceed in several steps:


We need to prepare an analysis program.




This is demo.cxx.
The program will take an input data
Entry  Thu Dec 13 17:33:54 2018, s prohira, parallel jobs on ruby, Software test.pbseffvol.pbs
On ruby, users get charged for the full node, even if you aren't using all 20 cores, so it's a pain if you want to run a bunch of serial jobs.
There is, however, a thing called the 'parallel command processor' (pcp) which is provided on ruby, (https://www.osc.edu/resources/available_software/software_list/parallel_command_processor)
that makes it very simple.
Entry  Tue Nov 27 09:43:37 2018, Brian Clark, Plot Two TH2Ds with Different Color Palettes, Analysis demo.ccMakefiletest.png
Say you want to plot two TH2Ds with on the same pad but different color paletettes?

This is possible, but requires a touch of fancy ROOT-ing. Actually, it's not that much, it just takes a lot of time to figure it out. So
here it is.
Entry  Fri Nov 9 00:44:09 2018, Brian Clark, Transfer files from IceCube Data Warehouse to OSC,  
Brian had to move ~7 TB of data from the IceCube data warehouse to OSC.

To do this, he used the gridftp software. The advantage is that griftp is optimized for large file transfers, and will manage data transfer better
than something like scp or rsync.
Entry  Fri Oct 26 18:08:43 2018, Jorge Torres, Analyzing effective volumes, Analysis veff.shveff_aeff2.Cveff_aeff2.mkmake_plot.py
Attaching some scripts that help processing the effective volumes. This is an extension of what Brian Clark did in a previous post (http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/How-To/27)

There are 4 files attached:

- veff_aeff2.C and veff_aeff2.mk. veff_aeff2.C produces Veff_des$1.txt ($1 can be A or B or C). This file contains the following
Entry  Mon Oct 1 19:06:59 2018, Brian Clark, Code to Compute Effective Volumes in AraSim, Analysis veff.ccveff.mk
Here is some C++ code and an associated makefile to find effective volumes from AraSim output files.

It computes error bars on the effective volumes using the relevant AraSim function.

Compile like "make -f veff.mk"
Entry  Sun Aug 26 19:23:57 2018, Brian Clark, Get a quick start with AraSim on OSC Oakley, Software forRishabh.tar.gz
These are instructions I wrote for Rishabh Khandelwal to facilitate a "fast" start on Oakley at OSC. It was to help him run AraSim in batch
jobs on Oakley.

It basically has you use software dependencies that I pre-installed on my OSC account at /users/PAS0654/osu0673/PhasedArraySimulation.
Entry  Wed Aug 1 11:37:10 2018, Andres Medina, Flux Ordering, Hardware 
Bought 951 Non-Resin Soldering Flux. This is the preferred variety. This could be found on this website https://www.kester.com/products/product/951-soldering-flux. 

The amount of Flux that was bought was 1 Gallon (Lasts quite some time). The price was $83.86 with approximate shipping of $43. This was done
Entry  Wed Jun 6 17:48:47 2018, Jorge Torres, How to build ROOT 6 on an OSC cluster,  
Disclaimer: I wrote this for Owens, which I think will also work on Pitzer. I recommend following Steven's instructions, and use mine if it fails
to build. J

1. Submit a batch job so the processing resources are not limited (change the project ID if needed.):
Entry  Wed Jun 6 08:54:44 2018, Brian Clark and Oindree Banerjee, How to Access Jacob's ROOT6 on Oakley,  env.sh
Source the attached env.sh file. Good to go!
Entry  Sun Apr 29 21:44:15 2018, Brian Clark, Access Deep ARA Station Data, Analysis plot_deep_station_event.cxx
Quick C++ program for pulling waveforms out of deep ARA station data. If you are using AraRoot, you would put this inside your "analysis" directory
and add it to your CMakeLists.txt.
Entry  Fri Mar 30 12:06:11 2018, Brian Clark, Get icemc running on Kingbee and Unity, Software 
So, icemc has some needs (like Mathmore) and preferably root 6 that aren't installed on kingbeen and unity.

Here's what I did to get icecmc running on kingbee.

Throughout, $HOME=/home/clark.2668
Entry  Tue Mar 20 09:24:37 2018, Brian Clark, Get Started with Making Plots for IceMC, Software 
First, anyone not familiar with the command line should familiarize yourself with
it. It is the way we interact with computers through an interface called the terminal: https://www.codecademy.com/learn/learn-the-command-line

 

Entry  Mon Mar 19 12:27:59 2018, Brian Clark, How To Do an ARA Monitoring Report, Other 
So, ARA has five stations down in the ice that are taking data. Weekly, a member of the collaboration checks on the detectors to make sure that they
are healthy.

This means things like making sure they are triggering at approximately the right rates, are taking cal pulsers, that the box isn't too hot,
Entry  Tue Dec 12 17:38:36 2017, Brian Clark, Data Analysis in R from day w/ Brian Connolly, Analysis pca_and_lda.Rdata.zip
On Nov 28 2017, Brian Connolly came and visited and taught us how to do basic data analysis in R.

He in particular showed us how to do a Linear Discriminant Analysis (LDA) and Principal Component Analysis (PCA).

Attached are three of the data files Carl Pfendner prepared for us to analyze (ARA data, including simulation, force triggers, and RF triggers).
Entry  Mon Nov 20 08:31:48 2017, Brian Clark and Oindree Banerjee, Fit a Function in ROOT, Analysis fitSnr.Chstripe1snr.rootstripe1snrfit.png
Sometimes you need to fit a function to a histogram in ROOT. Attached is code for how to do that in the simple case of a power law fit.

To run the example, you should type "root fitSnr.C" in the command line. The code will access the source histogram (hstrip1nsr.root,
which is actually ANITA-2 satellite data). The result is stripe1snrfit.png.
Entry  Thu Oct 26 08:44:58 2017, Brian Clark, Find Other Users on OSC, Other 
Okay, so our group has two "project" spaces on OSC (the Ohio Supercomputer). The first is for Amy's group, and is a project workspace called
"PAS0654". The second is the CCAPP Condo (literally, CCAPP has some pre-specified rental time, and hence "condo") on OSC, and this
is project PCON0003.
Entry  Thu Sep 21 14:30:18 2017, Julie Rolla, Using/Running XF,  
Below I've attached a video with some information regarding running XF. Before you start, here's some important information you need to know. 

 

In order to run XF:
Entry  Mon Sep 18 12:06:01 2017, Oindree Banerjee, How to get anitaBuildTool and icemc set up and working, Software 
First try reading and following the instructions here

https://u.osu.edu/icemc/new-members-readme/

Then e-mail me at oindreeb@gmail.com with your problems 
Entry  Sun Sep 17 20:05:29 2017, Spoorthi Nagasamudram, Some basic ,  
 
Entry  Fri Aug 25 12:34:47 2017, Amy Connolly - posting stuff from Todd Thompson, How to run coffee, Other guidelines.pdf
One really useful thing in here is how to describe "Value Added" to visitors.
Entry  Fri Jul 28 17:57:06 2017, Brian Clark and Ian Best , ,  
 
Entry  Thu May 11 14:38:10 2017, Sam Stafford, Sample OSC batch job setup, Software osc_batch_jobs.txt
Batch jobs on OSC are initiated through the Portable Batch System (PBS).  This is the recommended way to run stuff on OSC clusters.
Attached is a sample PBS script that copies files to temporary storage on the OSC cluster (also recommended) and runs an analysis program.
Info on batch processing is at https://www.osc.edu/supercomputing/batch-processing-at-osc.
Entry  Thu May 11 13:43:46 2017, Sam Stafford, Notes on installing icemc on OSC, Software icemc_setup_osc.txt
 
Entry  Thu Apr 27 18:28:22 2017, Sam Stafford (Also Slightly Jacob), Installing AnitaTools on OSC, Software OSC_build.txt
Jacob Here, Just want to add how I got AnitaTools to see FFTW:

1) echo $FFTW3_HOME to find where the lib and include dir is.

2) Next add the following line to the start of cmake/modules/FindFFTW.cmake
Entry  Tue Apr 25 10:35:43 2017, Jude Rajasekera, ShelfMC Parameter Space Scan, Software ParameterSpaceScan_instructions.txtsetup.shscheduler.sh
These scripts allow you to do thousands of ShelfMC runs while varying certain parameters of your choice. As is, the attenuation length, reflection,
ice thickness, firn depth, station depth is varied over certain rages; in total, the whole Parameter Space Scan does 5250 runs on a cluster like Ruby or
KingBee. The scripts and instructions are attached below. 
Entry  Tue Apr 25 10:22:50 2017, Jude Rajasekera, ShelfMC Cluster Runs, Software multithread_shelfmc.shmultithread_shelfmc_walkthrough.txt
Doing large runs of ShelfMC can be time intensive. However, if you have access to a computing cluster like Ruby or KingBee, where you are given a node
with multiple processors, ShelfMC runs can be optimized by utilizing all available processors on a node. The multithread_shelfmc.sh script automates
these runs for you. The script and instructions are attached below.
Entry  Tue Apr 18 12:02:55 2017, Amy Connolly, How to ship to Pole, Hardware Shipping_stuff_to_Pole__a_short_how_to_from_you_would_be_nice_.pdfARA_12-13_UH_to_CHC_Packing_List_Box_2_of_3.pdfARA_12-13_UH_to_CHC_Packing_List_Box_1_of_3.pdfARA_12-13_UH_to_CHC_Packing_List_Box_3_of_3.pdfIMG_4441.jpg
Here is an old email thread about how to ship a station to Pole.

 
Entry  Fri Mar 31 11:36:54 2017, Brian Clark, Hannah Hasan, Jude Rajasekera, and Carl Pfendner , Installing Software Pre-Requisites for Simulation and Analysis , Software installation.pdfInstallation-Instructions.tar.gz
Instructions on installing simulation software prerequisites (ROOT, Boost, etc) on Linux computers.
Entry  Wed Mar 22 18:01:23 2017, Brian Clark, Advice for Using the Ray Trace Correlator, Analysis 
If you are trying to use the Ray Trace Correlator with AraRoot, you will probably encounter some issues as you go. Here is some advice that Carl Pfendner
found, and Brian Clark compiled.

Please note that it is extremely important that your AntennaInfo.sqlite table in araROOT contain the ICRR versions of both Testbed
Entry  Thu Mar 16 10:39:15 2017, Amy Connolly, How Do I Connect to the ASC VPN Using Cisco and Duo?,  
For Mac and Windows:

https://osuasc.teamdynamix.com/TDClient/KB/ArticleDet?ID=14542
For Linux, in case some of your students need it:
Entry  Thu Mar 16 09:01:50 2017, Amy Connolly, Elog instructions, Other 
Log into kingbee.mps.ohio-state.edu first, then log into radiorm.physics.ohio-state.edu.

From Keith Stewart 03/16/17:  It appears that radiorm SSH from offsite is closed. So you will need to be on an OSU network physically
or via VPN. fox is also blocked from offsite as well. Kingbee should still be available for now. If you want to use it as a jump host to get to radiorm
ELOG V3.1.5-fc6679b