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Fri Mar 31 11:36:54 2017, Brian Clark, Hannah Hasan, Jude Rajasekera, and Carl Pfendner , Installing Software Pre-Requisites for Simulation and Analysis , Software  Instructions on installing simulation software prerequisites (ROOT, Boost, etc) on Linux computers.   Tue Apr 25 10:22:50 2017, Jude Rajasekera, ShelfMC Cluster Runs, Software  Doing large runs of ShelfMC can be time intensive. However, if you have access to a computing cluster like Ruby or KingBee, where you are given a node with multiple processors, ShelfMC runs can be optimized by utilizing all available processors on a node. The multithread_shelfmc.sh script automates these runs for you. The script and instructions are attached below.   Tue Apr 25 10:35:43 2017, Jude Rajasekera, ShelfMC Parameter Space Scan, Software  These scripts allow you to do thousands of ShelfMC runs while varying certain parameters of your choice. As is, the attenuation length, reflection, ice thickness, firn depth, station depth is varied over certain rages; in total, the whole Parameter Space Scan does 5250 runs on a cluster like Ruby or KingBee. The scripts and instructions are attached below.    Thu Apr 27 18:28:22 2017, Sam Stafford (Also Slightly Jacob), Installing AnitaTools on OSC, Software  Jacob Here, Just want to add how I got AnitaTools to see FFTW: 1) echo $FFTW3_HOME to find where the lib and include dir is. 2) Next add the following line to the start of cmake/modules/FindFFTW.cmake   Thu May 11 13:43:46 2017, Sam Stafford, Notes on installing icemc on OSC, Software      Thu May 11 14:38:10 2017, Sam Stafford, Sample OSC batch job setup, Software  Batch jobs on OSC are initiated through the Portable Batch System (PBS).  This is the recommended way to run stuff on OSC clusters. Attached is a sample PBS script that copies files to temporary storage on the OSC cluster (also recommended) and runs an analysis program. Info on batch processing is at https://www.osc.edu/supercomputing/batch-processing-at-osc.   Mon Sep 18 12:06:01 2017, Oindree Banerjee, How to get anitaBuildTool and icemc set up and working, Software  First try reading and following the instructions here https://u.osu.edu/icemc/new-members-readme/ Then e-mail me at oindreeb@gmail.com with your problems    Tue Mar 20 09:24:37 2018, Brian Clark, Get Started with Making Plots for IceMC, Software  First, anyone not familiar with the command line should familiarize yourself with it. It is the way we interact with computers through an interface called the terminal: https://www.codecademy.com/learn/learn-the-command-line     Fri Mar 30 12:06:11 2018, Brian Clark, Get icemc running on Kingbee and Unity, Software  So, icemc has some needs (like Mathmore) and preferably root 6 that aren't installed on kingbeen and unity. Here's what I did to get icecmc running on kingbee. Throughout, $HOME=/home/clark.2668   Sun Aug 26 19:23:57 2018, Brian Clark, Get a quick start with AraSim on OSC Oakley, Software  These are instructions I wrote for Rishabh Khandelwal to facilitate a "fast" start on Oakley at OSC. It was to help him run AraSim in batch jobs on Oakley. It basically has you use software dependencies that I pre-installed on my OSC account at /users/PAS0654/osu0673/PhasedArraySimulation.   Thu Dec 13 17:33:54 2018, s prohira, parallel jobs on ruby, Software  On ruby, users get charged for the full node, even if you aren't using all 20 cores, so it's a pain if you want to run a bunch of serial jobs. There is, however, a thing called the 'parallel command processor' (pcp) which is provided on ruby, (https://www.osc.edu/resources/available_software/software_list/parallel_command_processor) that makes it very simple.   Mon Feb 11 21:58:26 2019, Brian Clark, Get a quick start with icemc on OSC, Software 7x Follow the instructions in the attached "getting_started_with_anita.pdf" file to download icemc, compile it, generate results, and plot those results.   Tue Feb 26 16:19:20 2019, Julie Rolla, All of the group GitHub account links, Software  ANITA Binned Analysis: https://github.com/osu-particle-astrophysics/BinnedAnalysis GENETIS Bicone: https://github.com/mclowdus/BiconeEvolution GENETIS Dipole: https://github.com/hchasan/XF-Scripts   Tue May 14 10:38:08 2019, Amy , Getting started with AraSim, Software  Attached is a set of slides on Getting Started with QC, a simulation monitoring project.  It has instructions on getting started in using a terminal window, and downloading, compiling and running AraSim, the simulation program for the ARA project.  AraSim has moved from the SVN repository to github, and so now you should be able to retrieve it, compile it using:   Wed May 15 00:38:54 2019, Brian Clark, Get a quick start with AraSim on osc, Software 8x Follow the instructions in the attached "getting_started_with_ara.pdf" file to download AraSim, compile it, generate results, and plot those results.   Thu Jul 11 10:05:37 2019, Justin Flaherty, Installing PyROOT for Python 3 on Owens, Software  In order to get PyROOT working for Python 3, you must build ROOT with a flag that specifies Python 3 in the installation.  This method will create a folder titled root-6.16.00 in your current directory, so organize things how you see fit. Then the steps are relatively simple:   Fri Jan 31 10:43:52 2020, Jorge Torres, Mounting ARA software on OSC through CernVM File System, Software  OSC added ARA's CVMFS repository on Pitzer and Owens. This has been already done in UW's cluster thanks to Ben Hokanson-Fasig and Brian Clark. With CVMFS, all the dependencies are compiled and stored in a single folder (container), meaning that the user can just source the paths to the used environmental variables and not worry about installing them at all. This is very useful, since it usually takes a considerable amount of time to get those dependencies   Fri Feb 4 13:06:25 2022, William Luszczak, "Help! AnitaBuildTools/PueoBuilder can't seem to find FFTW!", Software  Disclaimer: This might not be the best solution to this problem. I arrived here after a lot of googling and stumbling across this thread with a similar problem for an unrelated project: https://github.com/xtensor-stack/xtensor-fftw/issues/52. If you're someone who actually knows cmake, maybe you have a better solution.   Mon Apr 24 11:51:42 2023, William Luszczak, PUEO simulation stack installation instructions, Software  These are instructions I put together as I was first figuring out how to compile PueoSim/NiceMC. This was originally done on machines running CentOS 7, however has since been replicated on the OSC machines (running RedHat 7.9 I think?). I generally try to avoid any `module load` type prerequisites, instead opting to compile any dependencies from source. You _might_ be able to get this to work by `module load`ing e.g. fftw, but try this at your own   Thu Sep 14 22:30:06 2023, Jason Yao, How to profile a C++ program, Software  This guide is modified from section (d) of the worksheet inside Module 10 of Phys 6810 Computational Physics (Spring 2023). NOTE: gprof does not work on macOS. Please use a linux machine (such as OSC) To use gprof, compile and link the relevant codes with the -pg option:   Wed Jun 12 12:10:05 2024, Jacob Weiler, How to install AraSim on OSC, Software  # Installing AraSim on OSC Readding this because I realized it was deleted when I went looking for it    Thu Mar 16 09:01:50 2017, Amy Connolly, Elog instructions, Other  Log into kingbee.mps.ohio-state.edu first, then log into radiorm.physics.ohio-state.edu. From Keith Stewart 03/16/17:  It appears that radiorm SSH from offsite is closed. So you will need to be on an OSU network physically or via VPN. fox is also blocked from offsite as well. Kingbee should still be available for now. If you want to use it as a jump host to get to radiorm   Fri Aug 25 12:34:47 2017, Amy Connolly - posting stuff from Todd Thompson, How to run coffee, Other  One really useful thing in here is how to describe "Value Added" to visitors.   Thu Oct 26 08:44:58 2017, Brian Clark, Find Other Users on OSC, Other  Okay, so our group has two "project" spaces on OSC (the Ohio Supercomputer). The first is for Amy's group, and is a project workspace called "PAS0654". The second is the CCAPP Condo (literally, CCAPP has some pre-specified rental time, and hence "condo") on OSC, and this is project PCON0003.   Mon Mar 19 12:27:59 2018, Brian Clark, How To Do an ARA Monitoring Report, Other  So, ARA has five stations down in the ice that are taking data. Weekly, a member of the collaboration checks on the detectors to make sure that they are healthy. This means things like making sure they are triggering at approximately the right rates, are taking cal pulsers, that the box isn't too hot,   Thu Jul 25 16:50:43 2019, Dustin Nguyen, Advice (not mine) on writing HEP stuff , Other  PDF of advice by Andy Buckley (U Glasgow) on writing a HEP thesis (and presumably HEP papers too) that was forwarded by John Beacom to the CCAPP mailing list a few months back.    Fri Oct 11 13:43:35 2019, Amy , How to start a new undergrad hire, Other  If an undergrad has been working with the group on a volunteer basis, they will need that clarified, so that they have not up to then we working for pay without training.  There is a form that they sign saying they have been working as a volunteer. Below is an email that Pam sent in July 2019 outlining what they need.  Other things to remember:   Tue Nov 5 16:22:16 2019, Keith McBride, NASA Proposal fellowships, Other  Here is a useful link for astroparticle grad students related proposals from NASA:   https://nspires.nasaprs.com/external/solicitations/summary.do?solId=%7BE16CD59F-29DD-06C0-8971-CE1A9C252FD4%7D&path=&method=init   Tue Apr 18 12:02:55 2017, Amy Connolly, How to ship to Pole, Hardware  Here is an old email thread about how to ship a station to Pole.     Wed Aug 1 11:37:10 2018, Andres Medina, Flux Ordering, Hardware  Bought 951 Non-Resin Soldering Flux. This is the preferred variety. This could be found on this website https://www.kester.com/products/product/951-soldering-flux.  The amount of Flux that was bought was 1 Gallon (Lasts quite some time). The price was $83.86 with approximate shipping of $43. This was done   Wed Mar 22 18:01:23 2017, Brian Clark, Advice for Using the Ray Trace Correlator, Analysis  If you are trying to use the Ray Trace Correlator with AraRoot, you will probably encounter some issues as you go. Here is some advice that Carl Pfendner found, and Brian Clark compiled. Please note that it is extremely important that your AntennaInfo.sqlite table in araROOT contain the ICRR versions of both Testbed   Mon Nov 20 08:31:48 2017, Brian Clark and Oindree Banerjee, Fit a Function in ROOT, Analysis  Sometimes you need to fit a function to a histogram in ROOT. Attached is code for how to do that in the simple case of a power law fit. To run the example, you should type "root fitSnr.C" in the command line. The code will access the source histogram (hstrip1nsr.root, which is actually ANITA-2 satellite data). The result is stripe1snrfit.png.   Tue Dec 12 17:38:36 2017, Brian Clark, Data Analysis in R from day w/ Brian Connolly, Analysis  On Nov 28 2017, Brian Connolly came and visited and taught us how to do basic data analysis in R. He in particular showed us how to do a Linear Discriminant Analysis (LDA) and Principal Component Analysis (PCA). Attached are three of the data files Carl Pfendner prepared for us to analyze (ARA data, including simulation, force triggers, and RF triggers).   Sun Apr 29 21:44:15 2018, Brian Clark, Access Deep ARA Station Data, Analysis  Quick C++ program for pulling waveforms out of deep ARA station data. If you are using AraRoot, you would put this inside your "analysis" directory and add it to your CMakeLists.txt.   Mon Oct 1 19:06:59 2018, Brian Clark, Code to Compute Effective Volumes in AraSim, Analysis  Here is some C++ code and an associated makefile to find effective volumes from AraSim output files. It computes error bars on the effective volumes using the relevant AraSim function. Compile like "make -f veff.mk"   Fri Oct 26 18:08:43 2018, Jorge Torres, Analyzing effective volumes, Analysis  Attaching some scripts that help processing the effective volumes. This is an extension of what Brian Clark did in a previous post (http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/How-To/27) There are 4 files attached: - veff_aeff2.C and veff_aeff2.mk. veff_aeff2.C produces Veff_des$1.txt ($1 can be A or B or C). This file contains the following   Tue Nov 27 09:43:37 2018, Brian Clark, Plot Two TH2Ds with Different Color Palettes, Analysis  Say you want to plot two TH2Ds with on the same pad but different color paletettes? This is possible, but requires a touch of fancy ROOT-ing. Actually, it's not that much, it just takes a lot of time to figure it out. So here it is.   Mon Mar 4 14:11:07 2019, Jorge Torres, Submitting arrays of jobs on OSC, Analysis  PBS has the option of having arrays of jobs in case you want to easily submit multiple similar jobs. The only difference in them is the array index, which you can use in your PBS script to run each task with a different set of input arguments, or any other operation that requires a unique index. You need to add the following lines to your submitter file:   Thu Mar 16 10:39:15 2017, Amy Connolly, How Do I Connect to the ASC VPN Using Cisco and Duo?,   For Mac and Windows: https://osuasc.teamdynamix.com/TDClient/KB/ArticleDet?ID=14542 For Linux, in case some of your students need it:   Fri Jul 28 17:57:06 2017, Brian Clark and Ian Best , ,       Sun Sep 17 20:05:29 2017, Spoorthi Nagasamudram, Some basic ,       Thu Sep 21 14:30:18 2017, Julie Rolla, Using/Running XF,   Below I've attached a video with some information regarding running XF. Before you start, here's some important information you need to know.    In order to run XF:   Wed Jun 6 08:54:44 2018, Brian Clark and Oindree Banerjee, How to Access Jacob's ROOT6 on Oakley,   Source the attached env.sh file. Good to go!   Wed Jun 6 17:48:47 2018, Jorge Torres, How to build ROOT 6 on an OSC cluster,   Disclaimer: I wrote this for Owens, which I think will also work on Pitzer. I recommend following Steven's instructions, and use mine if it fails to build. J 1. Submit a batch job so the processing resources are not limited (change the project ID if needed.):   Fri Nov 9 00:44:09 2018, Brian Clark, Transfer files from IceCube Data Warehouse to OSC,   Brian had to move ~7 TB of data from the IceCube data warehouse to OSC. To do this, he used the gridftp software. The advantage is that griftp is optimized for large file transfers, and will manage data transfer better than something like scp or rsync.   Mon Dec 17 21:16:31 2018, Brian Clark, Run over many data files in parallel,   To analyze data, we sometimes need to run over many thousands of runs at once. To do this in parallel, we can submit a job for every run we want to do. This will proceed in several steps: We need to prepare an analysis program. This is demo.cxx. The program will take an input data   Tue Feb 26 19:07:40 2019, Lauren Ennesser, Valgrind command to suppress ROOT warnings,   valgrind --suppressions=$ROOTSYS/etc/valgrind-root.supp ./myCode If you use valgrind to identify potential memory leaks in your code, but use a lot of ROOT objects and functions, you'll notice that ROOTs TObjects trigger a lot of "potential memory leak" warnings. This option will suppress many of those. More info at https://root-forum.cern.ch/t/valgrind-and-root/2ss8506   Fri Feb 28 13:09:53 2020, Justin Flaherty, Installing anitaBuildTools on OSC-Owens (Revised 2/28/2020),       Tue Aug 2 14:34:15 2022, Alex M, OSC License Request,   Some programs on OSC require authorized access to use in the form of a license. The license will be automatically read if it is available whenever you open a program on OSC, provided you have access to the license. In order to have access to a license, you need to fill out the attached form and send it to Amy to forward to OSC. Available programs (at least some of) which require a license can be found here: https://www.osc.edu/resources/available_software/software_list   Thu Jun 8 16:29:45 2023, Alan Salcedo , Doing IceCube/ARA coincidence analysis,   These documents contain information on how to run IceCube/ARA coincidence simulations and analysis. All technical information of where codes are stored and how to use them is detailed in the technical note. Other supportive information for physics understanding is in the powerpoint slides. The technical note will direct you to other documents in this elog in the places where you may need supplemental information.

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