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  GENETIS, Page 1 of 13  ELOG logo
Entry  Fri Feb 22 17:09:28 2019, Suren Gourapura, Updates that need to be added to the manual 
We are redesigning the way we simulate antennas in our loop. To do this, we changed our simulationPEC macro skeletons and our output skeleton. 

To make this easier, we changed the way we name the files, from i.uan where i is the simulation number, to i_j.uan where i is the antenna and
j is the frequency.
Entry  Thu May 11 15:57:08 2023, Ryan Debolt, Byran Reynolds, AREA Updates 
Here is some backlogged information as well as recent updates to our progress on AREA and its optimizations:

4/13/2023

We concluded our initial test of the AREA optimization loop. While analyzing our results, we noticed that most of our runs never reached our
Entry  Thu May 25 15:36:54 2023, Ryan Debolt, Byran Reynolds, preliminary error tests (PUEO) 8x
Here are some preliminary results from testing the effect of error on growth in the GA. For this test, we start with a simulated error of 0.5 because
our true fitness score is bounded between 0.0 and 1.0. From here, we simulate doubling the number of neutrinos by reducing the error by root(2), then root(4),
and observed the growth on the fitness scores plots. We did these three tests with both 50 and 100 individuals (plots starting with 30 use 50 and starting
Entry  Fri Aug 21 15:19:10 2020, Ryan Debolt, Friday Updates 



Name
Update
Plans for next week


Alex
M
 
 


Alex P
 
 


Eliot
 
 


Leo
 
 


Evelyn
 
 


Ryan
This
week I completed work on a set of graphs that shows many instances of of a run type on a graph to show the spread that runs give. I am still working on
Entry  Mon Nov 23 18:02:40 2020, Ryan Debolt, Monday Updates 



Alex M
Kept working with Amy, Alex P, Julie, and Ben on the AraSim
fix. We fixed our issue from last week but have a new one in stage 2. It looks like the issue has to do with resetting the values for V_forfft right before
stage 2 (around line 963). Check here for the current version of Report.cc: /users/PAS0654/pattonalexo/EFieldProject/11_23_20


Ryan
Fixed
Entry  Fri Feb 4 16:50:09 2022, Ryan Debolt, Loop Run run_details.txt

Run Type

Main Arasim Loop


Run Date

02/04/2022


Run Name

2022_02_04_Rank


Why
are we doing this run?

To test rank selection in main loop


What is different about this run from the last?

Rank
Slection is being used.
Parents.csv introduced.
Elite is being turned off.


Symmetric, asymmetric, linear,
Entry  Fri Feb 4 17:59:41 2022, Ryan Debolt, GA Updates Original_Params.PNGRank_params.PNGRange_restriction.PNGMutation.PNG
The following plots are ittereations if the test loop that add increasing improvements to the GA.

The first plot shows the GA's behavoir unaltered from our previous runs (80% roulette, 20% tournament elite selection on).

The second plots shows when we use 90% rank selection and 10% tournament, elite selection off.
Entry  Fri Feb 11 16:09:24 2022, Ryan Debolt, Parents.csv Parents.csv
Below is an example of our Parents.csv file written by the GA. This file tracks the parents of the individuals of the current generation.
The columns and their contained information are as follows:

 
Entry  Thu Feb 24 20:08:46 2022, Ryan Debolt, Parents Parent_tracking_example.pdf
 
Entry  Fri Apr 1 16:35:50 2022, Ryan Debolt, Population test. 
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vvcmjByKfcns0-tbAjtePB8ZVGsXAKxXCfbMc99weMI/edit?usp=sharing Here is the spreadsheet link for the population
test. 
Entry  Fri May 20 17:17:32 2022, Ryan Debolt, Fitness Functions Test 8x
Bellow lies plots testing different scores and comparing them using a chi^2 score.

The functions used are as follows

Gaussian: e^(-2) (Red)
Entry  Tue Jun 21 13:20:41 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 
The story of individual 8 from generation 18. (draft)

 

Once, there was a curved bicone named individual 8 who was from generation 18. In many ways, it was similar to many other bicones
Entry  Thu Jun 30 13:04:48 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2 rainbow_plot_quadratic_rank_test_720_(drawn).png
This is a multigenerational tracing of our second-best individual's parents and children:

The second-best individual in this evolution was
Bicone 22 from generation 40. This individual is, in fact, a fascinating case as we shall see. But to start the story of this individual we will go back
Entry  Fri Jul 8 13:34:08 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2 
 
Entry  Fri Jul 8 13:35:19 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2 Rainbow_Plot_Quadratic_Rank_Test_5.pngRainbow_Plot_Quadratic_Rank_Test_4.5.pngRainbow_Plot_Quadratic_Rank_Test_4.pngRainbow_Plot_Quadratic_Rank_Test_3.5.png
The second-best individual in this evolution was Bicone 22 from generation 40. This individual is, in fact, a fascinating case as we shall
see. But to start the story of this individual we will go back to generation 38 in order to demonstrate some of the peculiarities. 

 
Entry  Tue Aug 9 11:36:24 2022, Ryan Debolt, GA User guide (pdf) VPol_GA_User_guide.pdf
 
Entry  Tue Aug 9 15:28:50 2022, Ryan Debolt, How many individuals to use in the GA. 
One of our foundational questions tied to the optimization of the GA has been "How many individuals should we simulate". Up to now, our minds
were made up for us by the speed of arasim being great enough that the time cost of simulating individuals was great enough that the improvements made
from having more were not enough to justify the slowdown. However, with the upgrade to the faster, more recent version of arasim, I decided to re-examine
Entry  Mon Oct 24 17:44:51 2022, Ryan Debolt, Icemc inputs 261D6FA3-5612-412F-80FA-8AD961F7331A.jpeg
Here is our current assumption of the antenna angles needed for the icemc inputs. 
Entry  Thu Nov 10 10:42:20 2022, Ryan Debolt, Optimizations Plot0_96_25_6.png
This is the plot for the run type that had the best performance in the most recent optimization run that was completed. The most optimized runs from
these collections are decided by which run types achieve a chi-squared value of 0.1 in the fewest generations (correlating to about a 0.9 fitness score).
However, the genetic algorithm does not use Chi-squared directly, instead trying to maximize the fitness score (which uses a chi-squared in the denominator)
Entry  Fri Jun 2 00:21:36 2023, Ryan Debolt, Error test results test_results(1).png
Attached is a plot containing bar graphs with error bars representing the average number of generations it took for the GA to achieve a chi-squared value
of 0.25 (roughly equated to a 0.8 out of a max 1.0 fitness score). Unlike the fitness scores used by the GA, these values do not have simulated error attached
to them and are therefore a better measure of how well the GA is optimizing. These results were obtained by running 10 tests in the test loop for each
ELOG V3.1.5-fc6679b