Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  GENETIS, Page 1 of 13  ELOG logo
New entries since:Wed Dec 31 19:00:00 1969
Entry  Thu Jul 23 16:44:05 2020, Alex M, Daily Update 7/23/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

Leo and I continued working on the roulette algorithm for the asymmetric bicone to try to get the evolved generations to match the
original and database ones. We went through the mutation part of the algorithm and made sure we were rrunning all of the random number sequences in the
Entry  Wed Mar 18 15:01:10 2020, Julie Rolla, ONBOARDING: Tutorial Projects, Reading, Setup, etc. for New Students 237799239-XFdtd-Reference-Manual-pdf.pdf
For each new student joining the group, we ask them to onboard by completing each of the following items in the order given:

(1) Go to osc.edu and request an account


https://www.osc.edu/supercomputing/portals/client_portal/self_signup_for_accounts
Fill
Entry  Mon Feb 10 14:20:56 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting  
Today's Tasks

Julie: Write bash practice assignment, assist others when they have questions, work on Git lecture.
(Will finish bash assignments early next week)
Entry  Mon Aug 3 16:39:56 2020, Alex M, Daily Update 8/3/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M
I fixed the issues I outlined a little while ago that we needed to resolve before starting a real run. I started a real run with 10 individuals
for up to 20 generations using the database for a symmetric bicone. The name of the run is Machtay_20200803_Master_Symmetric_Database_Real (whew!). Right
Entry  Fri Jun 5 14:29:56 2020, Alex Patton, Daily GENETIS Update 6/5/20 



Name
Today's Update
Plans for Monday


Alex
M.

Helped Alex P try to figure out how to get data Amy was asking us to get for comparing antennas in AraSim. We've been stuck
trying to figure out where all of the data is printed (there are a bunch of .cc files and quantities we aren't familiar with--for example, vmmhz in
Entry  Fri May 22 11:25:47 2020, Alex Machtay, Daily ELOG Update 5/22/20 



Name
Update for today
Plans for
tomorrow


Alex M
Worked with Alex P on fixing a new issue that appeared in AraSim. We were getting effective
volumes of 0 in generation 4, despite getting nonzero fitness scores in previous generations. We made a fix that seems to give *some* non-zero effective
Entry  Tue Nov 12 15:45:33 2019, Julie Rolla, Week 11/12/19 Update  GENETIS_meeting_minutes_11_|_7.pdf
Attendance for today's session: Cade, Julie, Alex M, Alex P, Mitchell, Scott. 

Monday was a holiday, and we will be replaceing that meeting later this week. Today we worked on the following tasks:

Tasks:
Entry  Sun Apr 19 05:53:13 2026, Alex M, Daily Update 7/1/20 



Name
Today's Update
Plans
for Tomorrow


Alex M
Worked to make the frequency plots up to ~2.5 GHz. Amy said we should put a cut off for
the length of the antennas based on the minimum frequency, but right now I'm not sure how to find what that minimum length should be based on the frequency
Entry  Mon Oct 7 15:35:01 2024, Dylan Wells, Template Run Results Slide Deck 
Copy this slide deck to use when presenting on run updates!

https://docs.google.com/presentation/d/1Tk-B1QbFTP_5pQZovfn0_wbTswZTmOrJURpi374xJWo/edit?usp=sharing
Entry  Mon Mar 20 13:35:25 2023, Amy, info on format for PUEO antenna files 
William Luszczak  1:30 PM

This is the directory with the current PUEO antenna data files: https://github.com/PUEOCollaboration/pueoSim/tree/main/data/antennas. Each type of antenna will need several files:
Entry  Wed Aug 2 22:33:18 2023, Amy, slides from building meeting 8/2/23 GENETIS_building_080223.pdf
Slides shown at experts building meeting Aug. 2nd, 2023.
Entry  Tue Apr 6 18:00:23 2021, Julie Rolla, GENETIS Google Drive with Talks/Posters, Grant writings, Papers 
https://drive.google.com/drive/folders/1iDamk46R2_oOLHtvsOg4jNy05mCiB7Sn?usp=sharing
Entry  Wed Aug 5 16:08:40 2020, Alex M, Daily Update 8/5/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

Continued running the loop up to gen 15. I also adjusted the LRTPlot script so that it can slightly spread the points along the
generation axis so that you can see overlapping points, but I still need to implement this in the loop. 
Entry  Fri Sep 1 09:16:30 2023, Alex M, Curved Run With Realized Gain run_details_curved_realized.txt
We are beginning a new run with several improvements to the ARA VPol loop to try to evolve antennas that are optimally matched just by their geometry.
To do this, we are evolving with the RealizedGain instead of just Gain in the Xmacros (thus taking into account impedance mismatch). We also have the speed
up that parallelizes the AraSim jobs on each run. Attached is the run_details.txt file, but the GA parameters are subject to change. Here is what they
Entry  Sun Apr 12 00:08:49 2026, Alex M, Daily Update 7/1/20 



Name
Today's Update
Plans
for Tomorrow


Alex M
Worked to make the frequency plots up to ~2.5 GHz. Amy said we should put a cut off for
the length of the antennas based on the minimum frequency, but right now I'm not sure how to find what that minimum length should be based on the frequency
Entry  Sat Apr 11 22:16:40 2026, Alex Patton, Daily Update 7/13/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

 


 
Entry  Mon Apr 6 03:03:14 2026, Dylan Wells, Instructions for Running IceMC 
Running IceMC:

 

Go into the directory ../anitaBuildTool/build/components/icemc/
Entry  Sun Apr 5 21:41:25 2026, Alex Patton, GENETIS Daily Updates 
Today's Summer 2020 daily update:

As a note, today OSC was down so productivity was more limited




Name
Update for Today
Plans for Tomorrow


Alex
M.

Mostly just wrote more on the paper in the Genetic Algorithm section. I added some citation that we used in ICRC but there are
Entry  Sun Apr 5 15:07:50 2026, Aidan Snyder, AREA - frequency linear dependence correlation test run - 04/05/2022  

Run Type

AREA


Run Date

04/05/2022


Run Name

20220405fahimi5run2


Why
are we doing this run?

to see if the linear dependence on frequency was properly implemented


What is different
about this run from the last?

Under closer examination, the previous run of AREA appeared to not linearly depend on frequency, so we recompiled
Entry  Sat Apr 4 11:04:28 2026, Dylan Wells, Matching Circuits Slides 
Slides contatining my notes on matching circuits.

https://docs.google.com/presentation/d/1x25nhiqaW7LvPZ1pNZ5O4ZzsWZbtgqxBQ5haB9uWgQY/edit?usp=sharing
ELOG V3.1.5-fc6679b