Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  GENETIS, Page 3 of 13  ELOG logo
Entry  Tue Jun 21 12:22:02 2022, Alex M, Run Details: Machtay_20200827_Asym_Length_Run Veffectives_RG.pngFitness_Scores_RG.png
This run followed the first symmetric run. It had an asymmetric length, but the opening angle and inner radius were kept symmetric. 

10 individuals were evolved over 17 generations using 100,000 neutrinos. All selection was done through roulette, and all individuals were formed
through crossover and the old mutation method (where individual genes had a 40% to be mutated, and mutated genes were chosen from a gaussian based on the
Entry  Tue Jun 21 12:15:18 2022, Alex M, Run Details: Machtay_20200824_Real_Run Fitness_Scores_RG.pngVeffectives_RG.png
This is considered to be the first run of "good" data. Prior to this run, we ran with few neutrinos and had errors which needed to be
resolved in AraSim and with the way we handled XFdtd's simulation results being passed to AraSim. Those were resolved in the summer before this run.

This was a symmetric run of 10 individuals over 15 generations using 100,000 neutrinos per individual. This preceded the substantial modifications
Entry  Tue Jun 7 11:29:48 2022, Alex M, Run Details: AraSim_Polarity_Fix_2021_03_19 Run_Notes.txtViolin_Plot_super_big.png
This is the run that is discussed in the GENETIS paper submitted to Physical Review D in December of 2021. It was conducted beginning on March 19, 2021.
The preprint can be found here. It ran for 31 generations with 50 individuals per generation. Each individual
was run through AraSim for 300,000 neutrinos.
Entry  Fri Dec 30 01:16:52 2022, Alex M, Run Details: 2022_12_29 run_details.txt
We began a new run of the curved sided GA. Previously, we conducted a run just like this in July of 2022 (titled 2022_07_15_Latest_Greatest). In that
run, we made substantial updates to the loop, including using the latest version of AraSim. However, we discovered after the run (which had a very flat
fitness score growth curve) that we had not modified AraSim to take in gainfiles appropriately (so it was just evaluating the ARA bicone repeatedly). We've
Entry  Fri Jul 15 18:33:20 2022, Alex M, Run Details: 2022_07_15_Latest_Greatest run_details.txt
We have started a new run. Here is the directory: /fs/ess/PAS1960/BiconeEvolutionOSC/BiconeEvolution/current_antenna_evo_build/XF_Loop/Evolutionary_Loop/Run_Outputs/2022_07_15_Latest_Greatest

This run is a substantial overhaul. It is a curved run using the latest parameters from Ryan's optimization loop. Here is a list of important
changes:
Entry  Tue Jun 7 12:20:23 2022, Alex M, Run Details: 2022_04_14_Identical_Asym_Lower_Min run_details.txtViolin_Plot.png2022_04_14_Identical_Asym_Lower_Min_Rainbow.png
This run was a short run (stopped due to resource limits) that was conducted to test the minimum length constraint that had been applied in the past.
Previously, the minimum length was set to be 37.5 cm for each cone; in this run, it was lowered to 10 cm. It ran for 60 generations with 50 individuals
per generation, each evaluated with 300,000 neutrinos. To compare to the paper run, this run was performed using the asymmetric algorithm, meaning each
Entry  Tue Jun 7 11:01:59 2022, Alex M, Run Details: 2022_02_08_Rank_Test run_details.txtViolin_Plot.png
This run was started on February 2, 2022. It is a full run of 50 generations with 50 individuals per generation using the quadratic version of the loop.
This means that each individual is defined by 8 genes (length, inner radius, linear coefficient, and quadratic coefficient for each cone). Attached is
the txt file run_details.txt that is automatically generated when the loop is run. Each individual was run for 300,000 neutrinos.
Entry  Mon Nov 28 10:44:27 2022, Alex M, Run Details Latest_Greatest_2022_11_26 run_details_2022_11_26.txt
Here are the changes that have been made in this (and the preceding) run relative to what we have been doing before.


The newest version of AraSim has been implemented.

This was done because AraSim has gone through significant changes since
2019 that make it more accurate and makes it run faster.


The minimum length has been decreased to 10 cm per side.

This
Entry  Tue Mar 7 00:06:57 2023, Bryan Reynolds, Retroactive AREA update: January 18, 2022 AREA run- No linear freq. dependence test w/ increased NPop 20230201_singleFreqTest_100NPop_fitnessPlot_10Gens.PNG20230410_AREA_mostFitIndivReUpload_singleFreqTest.PNG
The following is a run summary of an AREA test using 100 individuals per generation, without the linear frequency dependence on the
gain, with the frequency fixed (i.e. the same gain pattern is produced for all frequencies). This run was a preliminary test of the AREA algorithm with
a larger NPop (100 individuals per generation) after seeing promising results in the previous test that only used 20 individuals per generation. The percentages
Entry  Mon Mar 6 23:25:12 2023, Bryan Reynolds, Retroactive AREA update: December 26, 2022 AREA run- No linear freq. dependence test 20230109_singleFreqTest_fitnessPlot_update30Gens.PNG20221229_singleFreqTest_overallBestIndiv_gen12Indiv17.PNG
The following is a run summary of the AREA test without the linear frequency dependence on the gain, with the frequency fixed (i.e. the same gain pattern
is produced for all frequencies). This run was a preliminary test of the AREA algorithm after fixing long-standing errors in the algorithm and finding
that the initial constaints implemented did not work with the frequency dependence on gain. Results from this run did show a "proof-of-concept"
Entry  Thu Apr 27 01:36:32 2023, Alex M, Results from paper symmetric run Violin_Plot.png
The reviewer asked us to run the loop again but for just symmetric antenna designs. We have completed that run and have results ready. We still need
to resimulate the top five individuals, which I'll update this post with later. I attached the violin plot (though it should be fixed to not let the
legend overlap the data). See this previous entry for the details of the run: http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/GENETIS/198
Entry  Mon Dec 2 16:41:35 2019, Julie Rolla, Requesting an interactive job 
Requesting an interactive job:

 

qsub -I -X -l walltime=1:00:00 -l nodes=1:ppn=40
Entry  Tue Feb 8 15:56:42 2022, Machtay, Rank Test Run run_details.txt
I fixed a bug in the loop, so we started another rank test run. Run details in the attached file.

The bug was searching for the generationDNA.csv file in the wrong place, meaning that it wasn't able to copy it to the run directory. That
meant we didn't have a record of the generation data in the usual format. I don't think that this explains the flatness, since the the generationDNA.csv
Entry  Mon May 29 20:21:07 2023, Dylan Wells, Pueo Physics of Results Plots 7x
The Physics of Results Plots have been added to the Pueo Loop. The current version of the plotter is built for pueoSim v1.0 and located in ${WorkingDir}/Antenna_Performance_Metric
(Hasn't been pulled into the loop directory yet).

The pueoSim v1.0 IceFinal files were missing information on the RF direction and information needed to see an amplitude spectrum. I asked Will,
Entry  Fri Feb 22 15:43:36 2019, Julie Rolla, Proposal requests for XF (Remcom) 
Here are a list of things we wish XF would do. We are keeping this list in hopes to add it to a proposal with them. 


Save pictures of CAD drawings of simulations. 
Close/quit XF GUI. App.quit doesn't actually work for us. 
Suppress
the GUI and run solely through terminal. 
Entry  Sun Apr 30 03:45:07 2023, Alex M, Preliminary PUEO Run PUEO_run_details.txt
We have the PUEO loop in working order, though there are a few errors in accuracy and efficiency. We started a preliminary run with few individuals and
neutrrinos as a large scale test that may still give us some useful data. 

For this run, we are only evolving the inner side length (10cm to 25 cm) and height (10 cm to 50 cm). The walls are slanted at 45 degrees, so
Entry  Fri Apr 1 16:35:50 2022, Ryan Debolt, Population test. 
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vvcmjByKfcns0-tbAjtePB8ZVGsXAKxXCfbMc99weMI/edit?usp=sharing Here is the spreadsheet link for the population
test. 
Entry  Fri Sep 3 14:06:39 2021, Alex M, Plots for 9/3/21 Collaboration Meeting 
Here are plots I made for the meeting on 9/3/21. These plots represent a comparison of the gain and realized gain for the 23rd generation of the run
being discussed in the upcoming paper. Here is a list of the plots


Gain vs realized gain

Polar plots of the best individual from generation 23 


S11/VSWR plots

Shows
Entry  Fri Sep 3 14:28:55 2021, Alex M, Plots for 9/3/21 Collaboration Meeting polar_plot_300.04.pngpolar_plot_200.02.pngVSWR_plot_1811.pngmean_gain_difference_1811.png
This ELOG post contains plots I made this week for comparing the antennas as they were evolved in the run being discussed in the upcoming paper with
those same antennas when using realized gain instead of gain. These plots are preliminary, in that they should be edited before being placed in a paper
(for example, VSWR is not in dBi).
Entry  Sun Feb 19 17:12:34 2023, Jack Tillman, Physics Plots - 9_50, 13_84, 18_89, 19_96, 29_87 Feb2023_Physics_Plots_Powerpoint.pdfCrazy_Sides_Triggered_Event_Data.pdf
Attached is a pdf of physics plots generated for the 9_50, 13_84, 18_89, 19_96, and 29_87 crazy sides individuals along with another containing information
on the amount of triggered events and effective volumes for each individual. The crazy sides individuals were simulated for 3 million events using
the same Arasim version as is currently in the loop.
ELOG V3.1.5-fc6679b