Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  GENETIS, Page 5 of 13  ELOG logo
Entry  Tue Jun 21 12:02:23 2022, Alex M, Run Details: Machtay_20201023_300K_Nus_50_Individuals Fitness_Scores_RG.png
This run was started on 10/23/2020. The purpose was to attempt to demonstrate evolution by beginning from 50 identical individuals in the initial
generation (which had previously produced a low score).

This run was the first time we removed the penalty on fitness scores for antennas which exceeded the borehole radius. It was also the first time
Entry  Wed Jun 8 14:45:52 2022, Alan S, XF Simulations | ARA bicone in ice | PowerPoint Slides XF_ARA_bicone_in_ice_and_air_column.pptx
Beam patterns with ARA bicone contained in a cylinder of air surrounded by a shell of ice.

 
Entry  Tue Jun 7 14:14:21 2022, Dylan Wells, Matching Circuits Slides 
Slides contatining my notes on matching circuits.

https://docs.google.com/presentation/d/1x25nhiqaW7LvPZ1pNZ5O4ZzsWZbtgqxBQ5haB9uWgQY/edit?usp=sharing
Entry  Tue Jun 7 12:20:23 2022, Alex M, Run Details: 2022_04_14_Identical_Asym_Lower_Min run_details.txtViolin_Plot.png2022_04_14_Identical_Asym_Lower_Min_Rainbow.png
This run was a short run (stopped due to resource limits) that was conducted to test the minimum length constraint that had been applied in the past.
Previously, the minimum length was set to be 37.5 cm for each cone; in this run, it was lowered to 10 cm. It ran for 60 generations with 50 individuals
per generation, each evaluated with 300,000 neutrinos. To compare to the paper run, this run was performed using the asymmetric algorithm, meaning each
Entry  Tue Jun 7 11:29:48 2022, Alex M, Run Details: AraSim_Polarity_Fix_2021_03_19 Run_Notes.txtViolin_Plot_super_big.png
This is the run that is discussed in the GENETIS paper submitted to Physical Review D in December of 2021. It was conducted beginning on March 19, 2021.
The preprint can be found here. It ran for 31 generations with 50 individuals per generation. Each individual
was run through AraSim for 300,000 neutrinos.
Entry  Tue Jun 7 11:01:59 2022, Alex M, Run Details: 2022_02_08_Rank_Test run_details.txtViolin_Plot.png
This run was started on February 2, 2022. It is a full run of 50 generations with 50 individuals per generation using the quadratic version of the loop.
This means that each individual is defined by 8 genes (length, inner radius, linear coefficient, and quadratic coefficient for each cone). Attached is
the txt file run_details.txt that is automatically generated when the loop is run. Each individual was run for 300,000 neutrinos.
Entry  Mon Jun 6 14:19:59 2022, Alex M, Important Runs (2) 
This is a duplicate post of a previous post from the end of 2020 where I listed the important runs with some of their details in a table (as below).
I am extending this table to include the important runs that have been conducted since this post. This includes the run used for the paper as well as the
curved run done earlier this year.
Entry  Fri May 20 17:17:32 2022, Ryan Debolt, Fitness Functions Test 8x
Bellow lies plots testing different scores and comparing them using a chi^2 score.

The functions used are as follows

Gaussian: e^(-2) (Red)
Entry  Fri May 20 14:26:39 2022, Alex M, GA Papers 
I'm making this entry so that I can record some interesting papers we find on genetic algorithms. Feel free to update this list with links to papers
and maybe make a description of what was interesting/of note in the paper.
 
Entry  Tue Apr 19 17:46:07 2022, Aidan Snyder, AREA - Short run testing stringReplacement2.py - 04/19/2022 

Run Type

AREA


Run Date

04/19/22


Run Name

20220419fahimi5run1


Why
are we doing this run?

Check to see if stringReplacement2.py changes were successfull


What is different about
this run from the last?

added below code in order to create a fitness file inside of each generation to display the fitness scores for just
Entry  Fri Apr 8 16:07:22 2022, Alex M, Identical Asymmetric Lowered Length Minimum Run run_details.txt
We are trying to do a short run of the asymmetric bicone so that we can see how it tries to evolve the antenna when the minimum length is lowered from
37.5 cm to 10 cm. Currently, there is a problem with the loop in the asymmetric version. Attached is the run detail file.
Entry  Fri Apr 8 16:06:31 2022, Aidan Snyder, AREA - frequency linear dependence correlation test run - 04/05/2022  

Run Type

AREA


Run Date

04/05/2022


Run Name

20220405fahimi5run2


Why
are we doing this run?

to see if the linear dependence on frequency was properly implemented


What is different
about this run from the last?

Under closer examination, the previous run of AREA appeared to not linearly depend on frequency, so we recompiled
Entry  Fri Apr 1 16:35:50 2022, Ryan Debolt, Population test. 
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vvcmjByKfcns0-tbAjtePB8ZVGsXAKxXCfbMc99weMI/edit?usp=sharing Here is the spreadsheet link for the population
test. 
Entry  Fri Mar 25 17:32:25 2022, Alex M, XFdtd Step Size Investigation polar_plot_400.06_step_5.pngpolar_plot_400.06_step_1.pngpolar_plot_200.02_step_5.pngpolar_plot_200.02_step_1.png
The reviewer for the paper we recently submitted mentioned that our step sizes at which we are measuring the gain in XFdtd may be too large. They pointed
out that there appear to be "lobes" at 400 MHz. I ran the antenna we presented in the paper through XFdtd using a step size of 5 degrees
(what we've been doing) and a step size of 1 degree (the reveiwer's recommendation). Attached are antenna responses for these two different step
Entry  Fri Mar 25 17:14:01 2022, Alex M, Antenna Minimum Length Investigation polar_plot_283.37.png
The reviewer of the paper we are trying to publish (as well as other external colleagues we showed the paper to) asked about our minimum length we implemented
in the loop. Currently, we cut off the length at a minimum of 37.5 cm for each cone (minimum of 75 cm for the full cone). There is an ELOG post from Amy
that presented the reasoning for this ( http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/GENETIS/81 ). We initially thought that we needed a minimum because
Entry  Thu Feb 24 20:08:46 2022, Ryan Debolt, Parents Parent_tracking_example.pdf
 
Entry  Fri Feb 11 16:34:54 2022, Aidan Snyder, AREA - frequency linear dependence correlation test run - 01/18/2022 Screenshot_2022-02-11_164514.pngScreenshot_2022-02-11_164136.pngScreenshot_2022-02-11_164252.pngScreenshot_2022-02-11_164406.png

Run Type

AREA


Run Date

01/18/22


Run Name

20220118fahimi5run1


Why
are we doing this run?

to see if the linear dependence on frequency was properly implemented


What is different
about this run from the last?

attempted to evolve gain pattern as a linear function of frequency


Symmetric, asymmetric,
Entry  Fri Feb 11 16:09:24 2022, Ryan Debolt, Parents.csv Parents.csv
Below is an example of our Parents.csv file written by the GA. This file tracks the parents of the individuals of the current generation.
The columns and their contained information are as follows:

 
Entry  Tue Feb 8 15:56:42 2022, Machtay, Rank Test Run run_details.txt
I fixed a bug in the loop, so we started another rank test run. Run details in the attached file.

The bug was searching for the generationDNA.csv file in the wrong place, meaning that it wasn't able to copy it to the run directory. That
meant we didn't have a record of the generation data in the usual format. I don't think that this explains the flatness, since the the generationDNA.csv
Entry  Fri Feb 4 17:59:41 2022, Ryan Debolt, GA Updates Original_Params.PNGRank_params.PNGRange_restriction.PNGMutation.PNG
The following plots are ittereations if the test loop that add increasing improvements to the GA.

The first plot shows the GA's behavoir unaltered from our previous runs (80% roulette, 20% tournament elite selection on).

The second plots shows when we use 90% rank selection and 10% tournament, elite selection off.
ELOG V3.1.5-fc6679b