Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  GENETIS, Page 4 of 14  ELOG logo
Entry  Fri Feb 22 15:43:36 2019, Julie Rolla, Proposal requests for XF (Remcom) 
Here are a list of things we wish XF would do. We are keeping this list in hopes to add it to a proposal with them. 


Save pictures of CAD drawings of simulations. 
Close/quit XF GUI. App.quit doesn't actually work for us. 
Suppress
the GUI and run solely through terminal. 
Entry  Sun Apr 30 03:45:07 2023, Alex M, Preliminary PUEO Run PUEO_run_details.txt
We have the PUEO loop in working order, though there are a few errors in accuracy and efficiency. We started a preliminary run with few individuals and
neutrrinos as a large scale test that may still give us some useful data. 

For this run, we are only evolving the inner side length (10cm to 25 cm) and height (10 cm to 50 cm). The walls are slanted at 45 degrees, so
Entry  Fri Apr 1 16:35:50 2022, Ryan Debolt, Population test. 
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vvcmjByKfcns0-tbAjtePB8ZVGsXAKxXCfbMc99weMI/edit?usp=sharing Here is the spreadsheet link for the population
test. 
Entry  Fri Sep 3 14:06:39 2021, Alex M, Plots for 9/3/21 Collaboration Meeting 
Here are plots I made for the meeting on 9/3/21. These plots represent a comparison of the gain and realized gain for the 23rd generation of the run
being discussed in the upcoming paper. Here is a list of the plots


Gain vs realized gain

Polar plots of the best individual from generation 23 


S11/VSWR plots

Shows
Entry  Fri Sep 3 14:28:55 2021, Alex M, Plots for 9/3/21 Collaboration Meeting polar_plot_300.04.pngpolar_plot_200.02.pngVSWR_plot_1811.pngmean_gain_difference_1811.png
This ELOG post contains plots I made this week for comparing the antennas as they were evolved in the run being discussed in the upcoming paper with
those same antennas when using realized gain instead of gain. These plots are preliminary, in that they should be edited before being placed in a paper
(for example, VSWR is not in dBi).
Entry  Sun Feb 19 17:12:34 2023, Jack Tillman, Physics Plots - 9_50, 13_84, 18_89, 19_96, 29_87 Feb2023_Physics_Plots_Powerpoint.pdfCrazy_Sides_Triggered_Event_Data.pdf
Attached is a pdf of physics plots generated for the 9_50, 13_84, 18_89, 19_96, and 29_87 crazy sides individuals along with another containing information
on the amount of triggered events and effective volumes for each individual. The crazy sides individuals were simulated for 3 million events using
the same Arasim version as is currently in the loop.
Entry  Mon Feb 6 13:20:26 2023, Dylan Wells, Physical Paramaters for the best antenna 
Asym Straight Sides (from the paper - Generation 23, Individual 8)

(inner radius, length, opening angle in radians)


2.08711,89.924,0.0161734
0.30175,45.3616,0.0910478

individual found in 
Entry  Fri Feb 11 16:09:24 2022, Ryan Debolt, Parents.csv Parents.csv
Below is an example of our Parents.csv file written by the GA. This file tracks the parents of the individuals of the current generation.
The columns and their contained information are as follows:

 
Entry  Thu Feb 24 20:08:46 2022, Ryan Debolt, Parents Parent_tracking_example.pdf
 
Entry  Tue Jul 18 22:04:22 2023, Dylan Wells, Parallelizing pueoSim jobs 
Currently, the PUEO loop runs pueoSim with 1 pueoSim process per job submitted.

Each of these jobs has 1 node and 8 cores, however, pueoSim only needs a single core to run.

Here is some data I collected by running the same seed of pueoSim with different numbers of cores in the job:
Entry  Tue Jul 25 16:07:25 2023, Dylan Wells, Parallelizing XF and pueoSim in the loop 
Standard Loop Architecture:

Complete an evolutionary step FOR EACH antenna before continuing on with the next step.

Steps:
Entry  Fri Feb 24 10:05:38 2023, Alex M, Paper Symmetric Run for Reviewer run_details_2023_02_20_Symmetric_Run.txt
We began a new run for a symmetric bicone antenna. The purpose of this is to satisfy the most recent comments from the reviewer on the paper. We are
using the same GA as for the paper with the same parameters. I will update this post soon with more details about this run. There is a run_details file
attached, but please wait for me to update this post with more specifics as the version of the GA being used is less connected to the details presented
Entry  Mon Apr 24 13:09:36 2023, Dylan Wells, PUEO Plots Status 7x
Plots we want to have for PUEO:

FScorePlot2D

Fitness_Scores_RG
Entry  Wed Jun 14 14:38:22 2023, Alex M, PUEO Antenna Dimensions 
Here are my recommended starting genes for the initial generation of the upcoming run (confirmed that these will produce a working antenna in XF). We
want to use the lowest values we can because we expect that a larger (namely, taller) antenna will perform better:

S, H, x0, y0, yf, zf, beta
Entry  Wed Feb 6 17:30:51 2019, Julie Rolla, Our Github, Dropbox, & Slack links 
Slack: https://gpantennas.slack.com/messages 


elog:http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/GENETIS/
Entry  Thu Nov 10 10:42:20 2022, Ryan Debolt, Optimizations Plot0_96_25_6.png
This is the plot for the run type that had the best performance in the most recent optimization run that was completed. The most optimized runs from
these collections are decided by which run types achieve a chi-squared value of 0.1 in the fewest generations (correlating to about a 0.9 fitness score).
However, the genetic algorithm does not use Chi-squared directly, instead trying to maximize the fitness score (which uses a chi-squared in the denominator)
Entry  Wed Jun 28 15:49:44 2023, Ryan Debolt, Optimization Runs 6/12/2023 
All data and plots discussed in this post are taken from this spreadsheet:

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BbpD81mugWQf10ozGDLI60takAn3tlvrq8ksT10yV5I/edit?usp=sharing

Run Details:
Entry  Sun Oct 20 13:11:09 2024, Dylan Wells, OSU Physics Scholarship Opportunities 
Here are some scholarships available to physics majors I've been lucky enough to receive throughout undergrad that allowed me to work on this project
unpaid without needing supplemental income from a separate job or loans. 

1. OSU
Entry  Mon Aug 21 15:47:13 2023, Amy, OSC license agreement to be able to use XF User_Software_Agreement-1.pdfxfdtd.pdf
Attached is the license agreement that each person should sign to be able to use XF on OSC.  You can sign it, send it to Amy, and she will return
it to OSC with her signature on it.
Entry  Wed Mar 18 15:01:10 2020, Julie Rolla, ONBOARDING: Tutorial Projects, Reading, Setup, etc. for New Students 237799239-XFdtd-Reference-Manual-pdf.pdf
For each new student joining the group, we ask them to onboard by completing each of the following items in the order given:

(1) Go to osc.edu and request an account


https://www.osc.edu/supercomputing/portals/client_portal/self_signup_for_accounts
Fill
ELOG V3.1.5-fc6679b