Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  GENETIS, Page 5 of 14  ELOG logo
    Reply  Mon Apr 20 01:57:35 2026, Julie Rolla, ONBOARDING: Tutorial Projects, Reading, Setup, etc. for New Students 
 




Quote:



For each new student joining the group, we ask them to onboard by completing each of the following items in the
Entry  Wed Feb 27 16:29:35 2019, Julie Rolla, New To-Do List 
Here are the following things we need to work on:
 


Paper (Julie and Suren)
Get loop working-- specifically XF (Cade)
Test GA (Suren)
Gain pattern plots
Entry  Fri Mar 19 17:39:47 2021, Alex M, New Run 
We began a new run using the same parameters as the previous one (see the last ELOG entry). The previous one ran for 8 generations. The difference between
this run and the last one is that we have added in the polarity fix for AraSim Brian and Jorge gave us (copying the correct Report.cc and Report.h files
into our AraSim version). Here are the run parameters:
Entry  Thu Jun 30 13:04:48 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2 rainbow_plot_quadratic_rank_test_720_(drawn).png
This is a multigenerational tracing of our second-best individual's parents and children:

The second-best individual in this evolution was
Bicone 22 from generation 40. This individual is, in fact, a fascinating case as we shall see. But to start the story of this individual we will go back
Entry  Fri Jul 8 13:34:08 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2 
 
Entry  Fri Jul 8 13:35:19 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2 Rainbow_Plot_Quadratic_Rank_Test_5.pngRainbow_Plot_Quadratic_Rank_Test_4.5.pngRainbow_Plot_Quadratic_Rank_Test_4.pngRainbow_Plot_Quadratic_Rank_Test_3.5.png
The second-best individual in this evolution was Bicone 22 from generation 40. This individual is, in fact, a fascinating case as we shall
see. But to start the story of this individual we will go back to generation 38 in order to demonstrate some of the peculiarities. 

 
Entry  Thu Mar 26 02:18:17 2026, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2 
This is a multigenerational tracing of our second-best individual's parents and children:

The second-best individual in this evolution was
Bicone 22 from generation 40. This individual is, in fact, a fascinating case as we shall see. But to start the story of this individual we will go back
Entry  Tue Jun 21 13:20:41 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 
The story of individual 8 from generation 18. (draft)

 

Once, there was a curved bicone named individual 8 who was from generation 18. In many ways, it was similar to many other bicones
Entry  Mon Nov 23 18:02:40 2020, Ryan Debolt, Monday Updates 



Alex M
Kept working with Amy, Alex P, Julie, and Ben on the AraSim
fix. We fixed our issue from last week but have a new one in stage 2. It looks like the issue has to do with resetting the values for V_forfft right before
stage 2 (around line 963). Check here for the current version of Report.cc: /users/PAS0654/pattonalexo/EFieldProject/11_23_20


Ryan
Fixed
Entry  Mon Nov 30 17:00:31 2020, Ethan Fahimi, Monday Updates 



Alex M
Kicked the loop back up. Helped Ethan and Parker with their
projects during the working meeting.


Ryan
Changed the tournament/roulette ratio, reproduction_no, and crossover_no
to be read in variables in the GA to increase the quality of life when running the algorithm and to prep the code for some testing. Format for how to call
Entry  Mon May 1 05:45:02 2023, Alex M, Midscale PUEO Run run_details.txt
I've started a run of the PUEO loop to get some data for evolving the antenna width and height. We are running with 24 individuals, each with 400k
neutrinos at an energy exponent of 19. Here is the output directory: /fs/ess/PAS1960/HornEvolutionOSC/GENETIS_PUEO/BiconeEvolution/current_antenna_evo_build/XF_Loop/Evolutionary_Loop/Run_Outputs/2023_05_01_Test_5

It's very important to note that the cross-pol data being used still comes from the data already stored in pueosim. This is because our extremely
Entry  Tue Jun 7 14:14:21 2022, Dylan Wells, Matching Circuits Slides 
Slides contatining my notes on matching circuits.

https://docs.google.com/presentation/d/1x25nhiqaW7LvPZ1pNZ5O4ZzsWZbtgqxBQ5haB9uWgQY/edit?usp=sharing
Entry  Sat Apr 4 11:04:28 2026, Dylan Wells, Matching Circuits Slides 
Slides contatining my notes on matching circuits.

https://docs.google.com/presentation/d/1x25nhiqaW7LvPZ1pNZ5O4ZzsWZbtgqxBQ5haB9uWgQY/edit?usp=sharing
Entry  Mon Feb 6 10:23:53 2023, Dylan Wells, Matching Circuit Parts  
Attached is a spreadsheet with the information on the parts we need for the N=14 matching circuit board.

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1x8dX3tNE-WSHjH_slj_EH4XsHcAnCVC05XiRBFPtIUc/edit#gid=0
Entry  Wed Sep 8 16:36:33 2021, Alex M, MODE Workshop Presentation GENETIS_MODE_Presentation.pptx
We presented at a workshop put on by the MODE collaboration. MODE is a collaboration dedicated to applying Automatic Differentiation to detector design.
Here's the website: https://mode-collaboration.github.io/#:~:text=MODE%20(for%20Machine%2Dlearning%20Optimized,in%20space%2C%20and%20in%20nuclear

 
Entry  Fri Feb 4 16:50:09 2022, Ryan Debolt, Loop Run run_details.txt

Run Type

Main Arasim Loop


Run Date

02/04/2022


Run Name

2022_02_04_Rank


Why
are we doing this run?

To test rank selection in main loop


What is different about this run from the last?

Rank
Slection is being used.
Parents.csv introduced.
Elite is being turned off.


Symmetric, asymmetric, linear,
Entry  Fri Jan 29 15:59:21 2021, Alex M, Loop Demonstration Video 
Here's the video I made a few months ago demonstrating how to run the loop. There might be some changes that have been made since then, but they'll
generally be minor so it should still be representative of what running the loop looks like. It might need to be shared with you through the Microsoft
drive service OSU gives us in order to view it, so either message me on Slack or email me at machtay.1@osu.edu and I'll share the link through there.
Entry  Thu Feb 21 14:07:14 2019, Julie Rolla, Logging into Nutau via XRDP 
As mentioned in the manual, using ssh to login to Nutau causes delays; the XFdtd GUI cannot be surpress and must be forwarded via X11 forwarding, and
this is extremely slow. We are currently looking into using a newly suggested option, XRDP. Information will be added as this process continues. 
Entry  Wed Aug 2 12:49:57 2023, Dylan Wells, Line of Best-Fit Straightened Sides Antenna output.pngimage_(3).pngoutput.png
Previously, we have tried to straighten the sides of the best-evolved curved antenna in elog
229. However, there were potential issues with how closely this line resembled the curve of the antenna.

So, I attempted to create another straightened sides antenna using a linear regression model to find the best fitting line for the curve to create
Entry  Tue Jan 19 19:00:30 2021, Alex M, Latest Run Details/Running on Slurm 
OSC managed to figure out our issue with running XF from an interactive job on Slurm. Previously, we were losing our connection to x11 forwarding. The
solution is to use sinteractive instead of srun to obtain an interactive job. Here's the syntax:

sinteractive -A PAS0654 -t <time> -N 1 -n 8 -p serial
ELOG V3.1.5-fc6679b