Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  GENETIS, Page 5 of 13  ELOG logo
Entry  Mon Nov 23 18:02:40 2020, Ryan Debolt, Monday Updates 



Alex M
Kept working with Amy, Alex P, Julie, and Ben on the AraSim
fix. We fixed our issue from last week but have a new one in stage 2. It looks like the issue has to do with resetting the values for V_forfft right before
stage 2 (around line 963). Check here for the current version of Report.cc: /users/PAS0654/pattonalexo/EFieldProject/11_23_20


Ryan
Fixed
Entry  Mon Nov 30 17:00:31 2020, Ethan Fahimi, Monday Updates 



Alex M
Kicked the loop back up. Helped Ethan and Parker with their
projects during the working meeting.


Ryan
Changed the tournament/roulette ratio, reproduction_no, and crossover_no
to be read in variables in the GA to increase the quality of life when running the algorithm and to prep the code for some testing. Format for how to call
Entry  Mon May 1 05:45:02 2023, Alex M, Midscale PUEO Run run_details.txt
I've started a run of the PUEO loop to get some data for evolving the antenna width and height. We are running with 24 individuals, each with 400k
neutrinos at an energy exponent of 19. Here is the output directory: /fs/ess/PAS1960/HornEvolutionOSC/GENETIS_PUEO/BiconeEvolution/current_antenna_evo_build/XF_Loop/Evolutionary_Loop/Run_Outputs/2023_05_01_Test_5

It's very important to note that the cross-pol data being used still comes from the data already stored in pueosim. This is because our extremely
Entry  Tue Jun 7 14:14:21 2022, Dylan Wells, Matching Circuits Slides 
Slides contatining my notes on matching circuits.

https://docs.google.com/presentation/d/1x25nhiqaW7LvPZ1pNZ5O4ZzsWZbtgqxBQ5haB9uWgQY/edit?usp=sharing
Entry  Mon Feb 6 10:23:53 2023, Dylan Wells, Matching Circuit Parts  
Attached is a spreadsheet with the information on the parts we need for the N=14 matching circuit board.

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1x8dX3tNE-WSHjH_slj_EH4XsHcAnCVC05XiRBFPtIUc/edit#gid=0
Entry  Wed Sep 8 16:36:33 2021, Alex M, MODE Workshop Presentation GENETIS_MODE_Presentation.pptx
We presented at a workshop put on by the MODE collaboration. MODE is a collaboration dedicated to applying Automatic Differentiation to detector design.
Here's the website: https://mode-collaboration.github.io/#:~:text=MODE%20(for%20Machine%2Dlearning%20Optimized,in%20space%2C%20and%20in%20nuclear

 
Entry  Fri Feb 4 16:50:09 2022, Ryan Debolt, Loop Run run_details.txt

Run Type

Main Arasim Loop


Run Date

02/04/2022


Run Name

2022_02_04_Rank


Why
are we doing this run?

To test rank selection in main loop


What is different about this run from the last?

Rank
Slection is being used.
Parents.csv introduced.
Elite is being turned off.


Symmetric, asymmetric, linear,
Entry  Fri Jan 29 15:59:21 2021, Alex M, Loop Demonstration Video 
Here's the video I made a few months ago demonstrating how to run the loop. There might be some changes that have been made since then, but they'll
generally be minor so it should still be representative of what running the loop looks like. It might need to be shared with you through the Microsoft
drive service OSU gives us in order to view it, so either message me on Slack or email me at machtay.1@osu.edu and I'll share the link through there.
Entry  Thu Feb 21 14:07:14 2019, Julie Rolla, Logging into Nutau via XRDP 
As mentioned in the manual, using ssh to login to Nutau causes delays; the XFdtd GUI cannot be surpress and must be forwarded via X11 forwarding, and
this is extremely slow. We are currently looking into using a newly suggested option, XRDP. Information will be added as this process continues. 
Entry  Wed Aug 2 12:49:57 2023, Dylan Wells, Line of Best-Fit Straightened Sides Antenna output.pngimage_(3).pngoutput.png
Previously, we have tried to straighten the sides of the best-evolved curved antenna in elog
229. However, there were potential issues with how closely this line resembled the curve of the antenna.

So, I attempted to create another straightened sides antenna using a linear regression model to find the best fitting line for the curve to create
Entry  Tue Jan 19 19:00:30 2021, Alex M, Latest Run Details/Running on Slurm 
OSC managed to figure out our issue with running XF from an interactive job on Slurm. Previously, we were losing our connection to x11 forwarding. The
solution is to use sinteractive instead of srun to obtain an interactive job. Here's the syntax:

sinteractive -A PAS0654 -t <time> -N 1 -n 8 -p serial
Entry  Tue Aug 16 11:41:07 2022, Dylan Wells, Instructions for Running IceMC 
Running IceMC:

 

Go into the directory ../anitaBuildTool/build/components/icemc/
Entry  Wed Aug 10 22:38:20 2022, Dylan Wells, Instructions for Installing IceMC 
Installing IceMC:

I: Getting anitaBuildTool

Clone the anitaBuildTool repository (https://github.com/anitaNeutrino/anitaBuildTool)
Entry  Mon Mar 20 16:31:09 2023, Alex M, Installing PUEOsim CentOS_7_install.md
Will sent me some info on how to install PUEOsim. I attached a markdown file he sent for how to install PUEOsim. He also sent the path to pre-compiled
installation of PUEOsim. Here's the path to the pre-compiled installation: /users/PAS0654/wluszczak/PUEO_shared

Here is his full message, which details that you must also run set_env.sh before running PUEOsim:
Entry  Mon Jun 6 14:19:59 2022, Alex M, Important Runs (2) 
This is a duplicate post of a previous post from the end of 2020 where I listed the important runs with some of their details in a table (as below).
I am extending this table to include the important runs that have been conducted since this post. This includes the run used for the paper as well as the
curved run done earlier this year.
Entry  Mon Dec 7 22:51:08 2020, Alex M, Important Runs 
Today I removed some of the run directories which had very little or no data or weren't worth keeping around. There are still a few that I think
can be removed, but I'm keeping them until we can get a consensus that they can definitely be removed. Below I listed the names and descriptions of
the runs that I think we should definitely preserve going forward. In general, the more data contained in the run directory, the more important it is to
Entry  Fri Apr 8 16:07:22 2022, Alex M, Identical Asymmetric Lowered Length Minimum Run run_details.txt
We are trying to do a short run of the asymmetric bicone so that we can see how it tries to evolve the antenna when the minimum length is lowered from
37.5 cm to 10 cm. Currently, there is a problem with the loop in the asymmetric version. Attached is the run detail file.
Entry  Mon Oct 24 17:44:51 2022, Ryan Debolt, Icemc inputs 261D6FA3-5612-412F-80FA-8AD961F7331A.jpeg
Here is our current assumption of the antenna angles needed for the icemc inputs. 
Entry  Fri Sep 2 12:40:17 2022, Alan S, Ice Shell Around Bicone XF_ARA_bicone_in_ice_and_air_column.pptxFar_Zone_Gain_of_ARA_Bicone_insice_Ice.pdf
Here is a PDF with a summary/log of my work trying to integrate an ice shell surrounding the bicone antennas in the GENETIS loop. I made gain
patterns of the ARA bicone with the ice shells and without them, showing the impact of the ice on the antenna's gain. Having an ice shell
changes these patterns, which are also dependent on the radius of the shell. I showed that convergence on the gain patterns and expected features start
Entry  Wed May 10 17:43:20 2023, Alex M, How to run the loop Ondemand_Front_Page.pngOndemand_Interactive_Apps.pngLaunching_Lightweight_Desktop.png
In this post, I'm going to give step by step instructions on everything you need to do to run the loop. See Julie's
thesis for the most recent iteration of this manual. Also refer to entry 123 for a list of some errors we have encountered historically in the loop and
how to resolve them, though some fixes may be outdated.
ELOG V3.1.5-fc6679b