Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  GENETIS, Page 6 of 14  ELOG logo
Entry  Wed Jul 14 15:45:30 2021, Ethan Fahimi, Wednesday Updates (7/14/2021) 



Ethan
Worked with Alex on fixing a few bugs with AREA. We are
trying to solve an issue where the individuals are not finishing runs (around one in every four gens with 100 individuals). We believe some individuals
may be too good and are then taking more than the wall time we have given them. Alex is testing this while I am working on a script that will add all the
Entry  Fri Sep 17 13:41:36 2021, Ethan Fahimi, 07/20/2021 AREA run 3 violin plot Image_9-13-21_at_6.35_PM.jpg
This is a plot made from the AREA project with full Arasim implementation. It can be seen that the Veff of any individuals is not what I would consider
"good", nor is it really rising, it is quite flat. This is because in this version of AREA, the gain pattern at each frequency is generated differently
than each other frequency, there is no correlation. This is known and actively being corrected. This plot is of old data and was just made for two reasons:
Entry  Mon Nov 8 17:04:30 2021, Ethan Fahimi, 11/04/2021 AREA run 2 violin plot 20211104fahimi5run2.png
This is a plot made from the AREA project with full Arasim implementation with each gain pattern of each individual being fixed across all frequencies.

This run was done with 50 total individuals per generation, across 36 generations. Each individual was tested with 4 seeds of 10,000 neutrinos,
for a total of 40,000 neutrinos. For each new generation, 25 individuals were created with roulette crossover, 8 with roulette mutation, 9 with tournament
Entry  Mon Nov 8 17:27:01 2021, Ethan Fahimi, 07/20/2021 AREA run 3 violin plot 20211104fahimi5run2.png
This is a plot made from the AREA project with full Arasim implementation with each gain pattern of each individual being fixed across all frequencies.

This run was done with 50 total individuals per generation, across 36 generations. Each individual was tested with 4 seeds of 10,000 neutrinos,
for a total of 40,000 neutrinos. For each new generation, 25 individuals were created with roulette crossover, 8 with roulette mutation, 9 with tournament
Entry  Tue Jun 7 14:14:21 2022, Dylan Wells, Matching Circuits Slides 
Slides contatining my notes on matching circuits.

https://docs.google.com/presentation/d/1x25nhiqaW7LvPZ1pNZ5O4ZzsWZbtgqxBQ5haB9uWgQY/edit?usp=sharing
Entry  Tue Jun 28 13:27:13 2022, Dylan Wells, Changes needed for the matching circuit script 


Fix the functions for the SLPC, SCPL, and PLSC L networks (change the paramaters to match with the format of
our data)


Write the PCSL function
Entry  Wed Aug 10 22:38:20 2022, Dylan Wells, Instructions for Installing IceMC 
Installing IceMC:

I: Getting anitaBuildTool

Clone the anitaBuildTool repository (https://github.com/anitaNeutrino/anitaBuildTool)
Entry  Tue Aug 16 11:41:07 2022, Dylan Wells, Instructions for Running IceMC 
Running IceMC:

 

Go into the directory ../anitaBuildTool/build/components/icemc/
Entry  Thu Aug 18 13:03:47 2022, Dylan Wells, Comparing inputs and outputs between AraSim and IceMC 
Comparing Inputs:

Frequency Lists:

Ara - 83.33MHz - 1066.70 MHz, step = 13.33MHz
Entry  Mon Oct 24 16:07:22 2022, Dylan Wells, Creating the matching circuit design 
The first part of designing the matching crictuit was choosing a frequency range to match over. We chose 100 MHz to 1000 MHz.

The geometric mean of this range in 316.227 MHz, which is the ideal frequeny to match to.

Then, we need the impedance of the antenna we are matching to.
Entry  Mon Dec 5 17:46:40 2022, Dylan Wells, Constraints on PUEO evolved antennas  
Variables of Evolved Antennas

Wall variables:
S -- length of bottom of the walls
m -- slope of the walls (currently set to 1)
Entry  Mon Feb 6 10:23:53 2023, Dylan Wells, Matching Circuit Parts  
Attached is a spreadsheet with the information on the parts we need for the N=14 matching circuit board.

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1x8dX3tNE-WSHjH_slj_EH4XsHcAnCVC05XiRBFPtIUc/edit#gid=0
Entry  Mon Feb 6 13:20:26 2023, Dylan Wells, Physical Paramaters for the best antenna 
Asym Straight Sides (from the paper - Generation 23, Individual 8)

(inner radius, length, opening angle in radians)


2.08711,89.924,0.0161734
0.30175,45.3616,0.0910478

individual found in 
Entry  Mon Mar 6 00:07:32 2023, Dylan Wells, Current Status of PUEO and To Do List for Hackathon  
I went through the current PUEO Loop  and documented everything that
still needs to be accomplished before we can run.

Everything is compiled in this Google
Entry  Mon Apr 24 13:09:36 2023, Dylan Wells, PUEO Plots Status 7x
Plots we want to have for PUEO:

FScorePlot2D

Fitness_Scores_RG
Entry  Mon May 29 20:21:07 2023, Dylan Wells, Pueo Physics of Results Plots 7x
The Physics of Results Plots have been added to the Pueo Loop. The current version of the plotter is built for pueoSim v1.0 and located in ${WorkingDir}/Antenna_Performance_Metric
(Hasn't been pulled into the loop directory yet).

The pueoSim v1.0 IceFinal files were missing information on the RF direction and information needed to see an amplitude spectrum. I asked Will,
Entry  Thu Jun 1 21:49:29 2023, Dylan Wells, Guide to Updating pueoSim  
How To Update PueoSim For GENETIS:

 

First, whoever updates pueoSim needs access to pueoBuilder, pueoSim, and niceMC on GitHub (ask Will for permissions).
Entry  Sun Jun 18 21:32:03 2023, Dylan Wells, Default Toyon Antenna Simulation 248599981-8eacbc83-d42e-4da4-9746-bda05b2b4a38.png248599974-bee7a4db-34c6-4cfd-bde0-3682ff3ebaf7.png
To act as our comparison to the evolved antennas while plotting, we have done a simulation of pueoSim with 4,000,000 neutrinos for the measured toyon
gains found in /fs/ess/PAS1960/buildingPueoSim/pueoBuilder/components/pueoSim/data/antennas/measured

In order to run the jobs, I used the runJobs.sh script found in /fs/ess/PAS1960/buildingPueoSim which submits job runs of 40,000 neutrinos
Entry  Tue Jul 18 22:04:22 2023, Dylan Wells, Parallelizing pueoSim jobs 
Currently, the PUEO loop runs pueoSim with 1 pueoSim process per job submitted.

Each of these jobs has 1 node and 8 cores, however, pueoSim only needs a single core to run.

Here is some data I collected by running the same seed of pueoSim with different numbers of cores in the job:
Entry  Tue Jul 25 16:07:25 2023, Dylan Wells, Parallelizing XF and pueoSim in the loop 
Standard Loop Architecture:

Complete an evolutionary step FOR EACH antenna before continuing on with the next step.

Steps:
ELOG V3.1.5-fc6679b