Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS
  GENETIS, Page 9 of 13  ELOG logo
Entry  Mon Jul 27 16:52:20 2020, Alex M, Daily Update 7/27/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Aelx
M

Leo, Julie, and I merged the two dev branches (Antenna_Database and asymBicone) onto master. I think I resolved all of the conflicts
and successfully merged. I'm going to start testing by running each setting (original, database, and asymmetric) through generation 1 to make sure
Entry  Fri Jul 24 16:25:06 2020, Alex M, Daily Update 7/24/20 



Name
Update
Plans for Monday


Alex
M
 
 


Alex P
 
 


Eliot
 
 


Leo
 
 


Ryan
 
 


Evelyn
 
 


Ben
 
 


Ethan
 
 




 
Entry  Thu Jul 23 16:44:05 2020, Alex M, Daily Update 7/23/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

Leo and I continued working on the roulette algorithm for the asymmetric bicone to try to get the evolved generations to match the
original and database ones. We went through the mutation part of the algorithm and made sure we were rrunning all of the random number sequences in the
Entry  Tue Jul 21 17:01:58 2020, Alex M, Daily Update 7/21/20 



Name
Update
Plans for tomorrow


Alex
M
I replaced AraSim on Eliot's user with the one we have on the shared space since I wasn't able to compile his yesterday. It compiled
correctly and I ran the loop but got the same results from last week (effective volumes that differed from the ones we got in the original and database
Entry  Wed Jul 22 16:00:18 2020, Alex M, Daily Update 7/21/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M
Leo and I worked on the roulette algorithm to figure out why the new individuals being formed are different in the asymmetric bicone version
of the loop than the original and database versions. We made some fixes, but we came across a complicated problem. Essentially, we think that the difference
Entry  Mon Jul 20 17:01:35 2020, Alex M, Daily Update 7/20/20 



Name
Update
Plans for tomorrow


Alex
M

The arasim jobs I submitted over the weekend kept failing. I've been looking for the cause but I can't pinpoint it right
now. The issue arose on Friday when I overwrote the version of Report.cc on Eliot's user with the one we have on the databse branch (but I don't
Entry  Thu Jul 2 15:03:39 2020, Alex Patton, Daily Update 7/2/20 



Name
Today's Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

Worked with Alex to change the roulette algorithm to implement a cut on the minimum length for the Antennas. Amy showed that we
don't want to generate antennas which are shorter than 37.5 cm in length (for each cone, so a total of 75 cm all together) because anything shorter
Entry  Fri Jul 17 18:09:16 2020, Alex M, Daily Update 7/17/20 



Name
Update
Plans for Monday


Alex
M

We may have found the error in the asymmetric bicone. It appears there may have been two problems. First, the setup for the simulation_PEC.xmacro
script in the asymmetric version appears to have been slightly different in that the positions of the cones, relative to the positions of the coordinate
Entry  Thu Jul 16 15:18:32 2020, Alex Patton, Daily Update 7/16/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

(See below the table for a review of the past couple of days since ELOG has been down.)
We may have found what was causing the error in Eliot and Leo's version. They were getting 0 effective volumes. I edited their output macroskeletons
Entry  Mon Jul 13 15:34:40 2020, Alex M, Daily Update 7/13/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

Alex and I continued running the loop for the database test. We ran into an error over the weekend that was affecting generations
after gen 0. Alex fixed it this morning and continued the run. 
Entry  Mon Jul 13 15:35:06 2020, Alex Patton, Daily Update 7/13/20 



Name
Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

 


 
Entry  Fri Jul 10 16:35:26 2020, Alex M, Daily Update 7/10/20 



Name
Update
Plans for Monday


Alex
M

Yesterday we started a run of the database version of the loop. The goal was to use it to replicate the results from the run we
finished yesterday using the same parameters (NPOP=8, SEEDS=10, bicone separation = 0.05 cm). We initially ran into problems with the databse which we
Entry  Wed Jul 1 16:18:35 2020, Alex M, Daily Update 7/1/20 



Name
Today's Update
Plans
for Tomorrow


Alex M
Worked to make the frequency plots up to ~2.5 GHz. Amy said we should put a cut off for
the length of the antennas based on the minimum frequency, but right now I'm not sure how to find what that minimum length should be based on the frequency
Entry  Tue Jun 9 15:00:09 2020, Alex Machtay, Daily Update 6/9/20 



Name
Today's Update
Plams
for Tomorrow


Alex M

Alex P and I kept working on finding differences in AraSim between antennas. We
still haven't found any and we've checked: electric field, maximum peak voltage, effective height, threshold (factor and offset), and the fft (and
Entry  Tue Jun 30 17:12:32 2020, Alex M, Daily Update 6/30/20 



Name
Update for Today
Plans for
Tomorrow


Alex M
Continued looking in XF for why the frequency where two antennas separated by a small amount
give the same gain. I made a script which plots the gain at each frequency for a chosen number of individuals at a specific polar angle and used it on
Entry  Mon Jun 29 15:57:41 2020, Alex Patton, Daily Update 6/29/20 



Name
Today's Update
Plans for Tomorrow


Alex
M
Worked with Alex P to look at the different gain patterns for antennas with different separation distances. We found that there wasn't
a clear frequency where they started to agree--looking at the average frequency gain plots we sent on slack, they look very different. We're trying
Entry  Thu Jun 25 15:22:50 2020, Alex Patton, Daily Update 6/25/20 



Name
Today's Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

Worked with Alex P on figuring out why we keep evolving towards small antennas. We think it's because the initial angle is so
large, and the standard deviation of makes it more difficult to bring the antenna within the confines of the hole by mutating the angle than by mutating
Entry  Wed Jun 23 16:34:10 2021, Ethan Fahimi, Daily Update 6/23/2021 



Name
Progress
Plans


Alex
M
 
 


Lydon
 
 


Ryan

 

 


Ben
 
 


Ethan
With
Entry  Tue Jun 23 14:37:07 2020, Alex Patton, Daily Update 6/23/20 



Name
Today's Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

Worked with Aelx P on running the loop with decreasing grid spacing. I also worked in the XF GUI some more and figured out how to
make 3D gain plots (per Cade's suggestion) and tried comparing different grid sizes for a single antenna with proGrid on. 
Entry  Mon Jun 22 13:52:32 2020, Alex Patton, Daily Update 6/22/20 



Name
Today's Update
Plans for Tomorrow


Alex
M

Worked with Alex to run XF with smaller grid spacing. We're down to 0.001 cm, but below that we were getting long times on the
XF GUI that made it seem like it was hanging. I also investigated XF from a Pitzer desktop to see how to use the progrid setting. I can get the scripts
ELOG V3.1.5-fc6679b