Updates and Results Talks and Posters Advice Ideas Important Figures Write-Ups Outreach How-To Funding Opportunities GENETIS

GENETIS, all entries

New |  Find |  Select |  Import |  Config |  Last day |  Help

Full | Summary | Threaded | Collapse | Expand     -- All entries -- Last day Last 3 Days Last week Last month Last 3 Months Last 6 Months Last Year Error: Attribute "Type" for quick filter not found  241 Entries

Goto page 1, 2, 3 ... 11, 12, 13

Selected entries:

Wed Aug 2 22:33:18 2023, Amy, slides from building meeting 8/2/23  Slides shown at experts building meeting Aug. 2nd, 2023.   Thu Aug 18 10:32:17 2022, Amy, reading about HPol antennas  Here are some reading materials about HPol antennas: This paper discusses some initial HPol designs that were tested in a prototype station of ARA.  We went with the slotted cylinder design.     Wed Feb 15 16:33:17 2023, Jacob Weiler, pueoSim Input Files  Input File Format for pueoSim (Also ICEMC) Frequency Range: From 200 MHz to 1500 MHz incrementing by 10 MHz steps   There are 8 different files that are required for pueoSim. They are:   Thu May 25 15:36:54 2023, Ryan Debolt, Byran Reynolds, preliminary error tests (PUEO) 8x Here are some preliminary results from testing the effect of error on growth in the GA. For this test, we start with a simulated error of 0.5 because our true fitness score is bounded between 0.0 and 1.0. From here, we simulate doubling the number of neutrinos by reducing the error by root(2), then root(4), and observed the growth on the fitness scores plots. We did these three tests with both 50 and 100 individuals (plots starting with 30 use 50 and starting   Mon Mar 20 13:35:25 2023, Amy, info on format for PUEO antenna files  William Luszczak  1:30 PM This is the directory with the current PUEO antenna data files: https://github.com/PUEOCollaboration/pueoSim/tree/main/data/antennas. Each type of antenna will need several files:   Wed Jul 12 21:30:56 2023, Alex Machtay, Zoom training on XF 07/12/23  Recording of training on XFdtd by Alex Machtay on July 12, 2023.   Fri Mar 25 17:32:25 2022, Alex M, XFdtd Step Size Investigation  The reviewer for the paper we recently submitted mentioned that our step sizes at which we are measuring the gain in XFdtd may be too large. They pointed out that there appear to be "lobes" at 400 MHz. I ran the antenna we presented in the paper through XFdtd using a step size of 5 degrees (what we've been doing) and a step size of 1 degree (the reveiwer's recommendation). Attached are antenna responses for these two different step   Fri May 17 15:13:50 2019, Julie Rolla, XF key flash drive holders  We have 2 physical XF flash drive keys in existence. These are non-replaceable and cannot be lost! Until further notice, the keys are held by:   (1) Cade Sbrocco (sbrocco.6@buckeyemail.osu.edu )   Wed Jun 8 14:45:52 2022, Alan S, XF Simulations | ARA bicone in ice | PowerPoint Slides  Beam patterns with ARA bicone contained in a cylinder of air surrounded by a shell of ice.     Wed Aug 2 00:17:32 2023, Jacob Weiler, XF Antenna Drawing Progress 08/02/2023  I've been building in XF and have ran into some issues but currently have the following completed: - Struts are placed, though they are not evenly spaced and the same. I have contacted XF to try and figure out how to get rotation/patterns to do what we need   Tue Mar 24 15:38:50 2020, Julie Rolla, X11 Forwarding Issue for Windows  Most of our students  (1)Ubuntu doesn't come with X11 forwarding on its own. So you can install Xlaunch xeyes -display :0     Tue Dec 3 15:26:42 2019, Julie Rolla, Working session 12/3/19  Attendance: Julie, Alex M., Alex P., Cade, Scott.   What we have done today:   Tue Dec 3 01:26:52 2019, Julie Rolla, Working session 12/2/19  Attendance: Julie, Alex P., Cade, Alex M., Mitchell, Evelyn (Go team!)   I. Adding Constraints on the in-ice hole size.   Tue Feb 25 17:10:36 2020, Alex Machtay & Alex Patton, Working Meeting 2/25/20  Today's Tasks Mitchell, Evelyn, Eliot, Ryan: Work through the bash project; Mitchell is done, Ryan and Evelyn are close to being finished. Leo: Worked on next presentation (not sure when he'll present--either Friday or next Tuesday).   Fri Nov 20 17:50:05 2020, Alex M, Working Meeting 11/20/20  Alex M We worked with Amy to track down the error we were getting with the AraSim fix. Alex P and I had gotten AraSim to compile, but running gave the error (at the bottom). We did a binary search for the source of the error and determined it comes from the if statement around line 640 in Report.cc:   Thu Jan 9 14:24:25 2020, Julie Rolla, Winter Break Updates and new to-do list (with deadlines)  The following items from our to-do list have been successfully completed. Below this list, you can find the remaining urgent items for our proposal due date of 1/28 (items must be completed with plenty of time to spare).  Completed items:  *Note* please check the highlighted item.   Wed Nov 20 00:40:49 2019, Julie Rolla, Week 11/19/19 Update  Attendance for today's session: Cade, Julie, Alex M, Mitchell, Scott.    Tasks/to-do list:   Fri Nov 15 09:59:27 2019, Julie Rolla, Week 11/15/19 Update  Attendance for today's session: Cade, Julie, Alex M, Mitchell, Scott.    Tasks worked on:   Tue Nov 12 15:45:33 2019, Julie Rolla, Week 11/12/19 Update   Attendance for today's session: Cade, Julie, Alex M, Alex P, Mitchell, Scott.  Monday was a holiday, and we will be replaceing that meeting later this week. Today we worked on the following tasks: Tasks:   Wed Jul 14 15:45:30 2021, Ethan Fahimi, Wednesday Updates (7/14/2021)  Ethan Worked with Alex on fixing a few bugs with AREA. We are trying to solve an issue where the individuals are not finishing runs (around one in every four gens with 100 individuals). We believe some individuals may be too good and are then taking more than the wall time we have given them. Alex is testing this while I am working on a script that will add all the   Fri Feb 22 17:09:28 2019, Suren Gourapura, Updates that need to be added to the manual  We are redesigning the way we simulate antennas in our loop. To do this, we changed our simulationPEC macro skeletons and our output skeleton.  To make this easier, we changed the way we name the files, from i.uan where i is the simulation number, to i_j.uan where i is the antenna and j is the frequency.   Thu Dec 5 16:58:55 2019, Julie Rolla, Updated To-Do List:  Updated To-Do List: Add ARA constants in plotting code: ie add Veff, theta, R for ARA. This will sit as a constant line for us to compare each evolving parameter to. For example, in the plot Veff vs Generation,   Fri Feb 22 15:46:33 2019, Julie Rolla, Updated To-Do List  We are getting to the stage where we would like to verify each step. It has been requested by Amy that we verify them visually. Here are the plots we need to make.  Add plotting for L & R parameters (note that we already have similar software to this from the dipole check. You can find this in   Fri Aug 5 09:59:07 2022, Dennis Calderon, Updated Effective Volumes and Errors (Paper Run and Curved Sides)  Update to previous ELOG post for Effective Volumes and Errors for AraSim simulations for antennas from Paper_Run and Curved_Sides. AraSim version compiled ~11/2021 and the (old) GENETIS version     Mon Oct 5 17:34:32 2020, Leo Deer, Update Monday 10/5/2020  Name Update Plans for Monday Alex M     Alex P   Finish up mutation function and then make sure it functions   Fri Oct 2 17:11:25 2020, Ethan Fahimi, Update Friday 10/2/2020  Name Update Plans for Monday Alex M     Alex P     Eliot     Leo Today   Wed Sep 9 17:28:54 2020, Alex M, Update 9/9/20  Name Update Plans for tomorrow Alex M I've been working on readying the loop for the transition to slurm. OSC is switching from its current job managing software (torque/moab) to slurm, which uses some different commands but is functionally similar. Since we have places where jobs are called in the script, I've   Tue Jan 26 17:17:41 2021, Ethan Fahimi, Tuesday Updates 01/26/2021  Ethan F Continued implementing some solutions the OSC helpdesk gave me for fixing the unwanted extensions on the job output files.                           Mon May 22 20:34:59 2023, Amy, Things to do before starting new PUEO run from 5/22/23 meeting  Here is a list of things we agreed to do before starting a new PUEO run.  Feel free to add notes here as things are done and we will revisit the list next week. Change range of the height variable to 0.75-1.75m   Mon Jul 24 15:51:28 2023, Ryan Debolt, Test Loop runs that need done.  Types of runs I need (May need some other people to help me run these):   Mon Oct 7 15:35:01 2024, Dylan Wells, Template Run Results Slide Deck  Copy this slide deck to use when presenting on run updates! https://docs.google.com/presentation/d/1Tk-B1QbFTP_5pQZovfn0_wbTswZTmOrJURpi374xJWo/edit?usp=sharing   Wed Nov 20 15:05:14 2019, Julie Rolla, Task update 11/20/19  ​Today I spent some time looking at task 1 from the update here: http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/GENETIS/20. Below are my updates.      Mon Jun 24 13:49:49 2019, Julie Rolla, Summer update  Right now the following people are working on this project: Julie Rolla, Cade Sbrocco, Scott Janse, Alex Patton, Eliot Ferstl, Abassi Brown, Evelyn Shank, Sophie Dunlap Today we met for our first working meeting. Scott, Alex, and Eliot were asked to speed up and optimize AraSim. Sophie and Evelyn are working   Thu Jul 6 13:12:04 2023, Jack Tillman, Straightened Sides AraSim Results   After discretizing and straightening the sides of the curved antenna that performed the best (Generation 13, individual 84) and running the antenna through AraSim, the following results and physics plots were generated.    Mon Jul 1 13:45:49 2019, Alex Patton, Status on optimizing AraSim  We ran valgrind (a profiler) on AraSim to find out where it was spending most of its time, we ran it with callgrind to give an output file of the time and opened that file with qcashegrind to display it in a legible format. This let us know that the function Param_RE_Tterm_approx was taking up about 75% of the time because it was being called hundreds of millions of times. Now more specifically the standard math functions pow() and exp() were being   Thu Mar 11 15:41:52 2021, Alex M, Running The Loop Updated  Because of issues we were having with XF when running at the command line, we've shifted to running through a Pitzer VDI (see here: https://ondemand.osc.edu/pun/sys/dashboard/batch_connect/sys/bc_desktop/vdi/session_contexts/new). The VDI will give you a mirror of a desktop running on OSC's side, so things like XF will run much faster. You can open a terminal by clicking the black box at the bottom of the screen and then run the loop like normal (./Asym_XF_Loop.sh). This has the added benefit of making it possible to exit   Fri Feb 4 16:10:32 2022, Julie Rolla, Run Log Template  For PAEA Algorithm: Part I: Complete as soon as the run starts Run details: Please answer all of the questions below! Run Type Answer here whether or not it's AREA (Gain pattern evolution) or PAEA (Bicone evolution) Run Date Add answer here Run Name Add answer here Parameters   Tue Jun 21 12:02:23 2022, Alex M, Run Details: Machtay_20201023_300K_Nus_50_Individuals  This run was started on 10/23/2020. The purpose was to attempt to demonstrate evolution by beginning from 50 identical individuals in the initial generation (which had previously produced a low score). This run was the first time we removed the penalty on fitness scores for antennas which exceeded the borehole radius. It was also the first time   Tue Jun 28 11:40:32 2022, Alex M, Run Details: Machtay_20200911_Symmetric  This was a symmetric run that began on 9/11/2020. This run used fewer neutrinos to determine how significant the number would be on the performance of the evolution. 30,000 neutrinos were used per individual. 10 individuals were evolved over 35 generations, using 100% roulette selection and the old mutation algorithm, where genes had a 40% chance of   Tue Jun 28 11:35:15 2022, Alex M, Run Details: Machtay_20200831_Asym_Length_and_Angle  This run was conducted beginning on August 31, 2020. Both the angle and length were asymmetric for the two cones. It was run with 10 individuals over 42 generations using 150,000 neutrinos. A penalty was still implemented on bicones exceeding the borehole width.   Tue Jun 21 12:22:02 2022, Alex M, Run Details: Machtay_20200827_Asym_Length_Run  This run followed the first symmetric run. It had an asymmetric length, but the opening angle and inner radius were kept symmetric.  10 individuals were evolved over 17 generations using 100,000 neutrinos. All selection was done through roulette, and all individuals were formed through crossover and the old mutation method (where individual genes had a 40% to be mutated, and mutated genes were chosen from a gaussian based on the   Tue Jun 21 12:15:18 2022, Alex M, Run Details: Machtay_20200824_Real_Run  This is considered to be the first run of "good" data. Prior to this run, we ran with few neutrinos and had errors which needed to be resolved in AraSim and with the way we handled XFdtd's simulation results being passed to AraSim. Those were resolved in the summer before this run. This was a symmetric run of 10 individuals over 15 generations using 100,000 neutrinos per individual. This preceded the substantial modifications   Tue Jun 7 11:29:48 2022, Alex M, Run Details: AraSim_Polarity_Fix_2021_03_19  This is the run that is discussed in the GENETIS paper submitted to Physical Review D in December of 2021. It was conducted beginning on March 19, 2021. The preprint can be found here. It ran for 31 generations with 50 individuals per generation. Each individual was run through AraSim for 300,000 neutrinos.   Fri Dec 30 01:16:52 2022, Alex M, Run Details: 2022_12_29  We began a new run of the curved sided GA. Previously, we conducted a run just like this in July of 2022 (titled 2022_07_15_Latest_Greatest). In that run, we made substantial updates to the loop, including using the latest version of AraSim. However, we discovered after the run (which had a very flat fitness score growth curve) that we had not modified AraSim to take in gainfiles appropriately (so it was just evaluating the ARA bicone repeatedly). We've   Fri Jul 15 18:33:20 2022, Alex M, Run Details: 2022_07_15_Latest_Greatest  We have started a new run. Here is the directory: /fs/ess/PAS1960/BiconeEvolutionOSC/BiconeEvolution/current_antenna_evo_build/XF_Loop/Evolutionary_Loop/Run_Outputs/2022_07_15_Latest_Greatest This run is a substantial overhaul. It is a curved run using the latest parameters from Ryan's optimization loop. Here is a list of important changes:   Tue Jun 7 12:20:23 2022, Alex M, Run Details: 2022_04_14_Identical_Asym_Lower_Min  This run was a short run (stopped due to resource limits) that was conducted to test the minimum length constraint that had been applied in the past. Previously, the minimum length was set to be 37.5 cm for each cone; in this run, it was lowered to 10 cm. It ran for 60 generations with 50 individuals per generation, each evaluated with 300,000 neutrinos. To compare to the paper run, this run was performed using the asymmetric algorithm, meaning each   Tue Jun 7 11:01:59 2022, Alex M, Run Details: 2022_02_08_Rank_Test  This run was started on February 2, 2022. It is a full run of 50 generations with 50 individuals per generation using the quadratic version of the loop. This means that each individual is defined by 8 genes (length, inner radius, linear coefficient, and quadratic coefficient for each cone). Attached is the txt file run_details.txt that is automatically generated when the loop is run. Each individual was run for 300,000 neutrinos.   Mon Nov 28 10:44:27 2022, Alex M, Run Details Latest_Greatest_2022_11_26  Here are the changes that have been made in this (and the preceding) run relative to what we have been doing before. The newest version of AraSim has been implemented. This was done because AraSim has gone through significant changes since 2019 that make it more accurate and makes it run faster. The minimum length has been decreased to 10 cm per side. This   Tue Mar 7 00:06:57 2023, Bryan Reynolds, Retroactive AREA update: January 18, 2022 AREA run- No linear freq. dependence test w/ increased NPop  The following is a run summary of an AREA test using 100 individuals per generation, without the linear frequency dependence on the gain, with the frequency fixed (i.e. the same gain pattern is produced for all frequencies). This run was a preliminary test of the AREA algorithm with a larger NPop (100 individuals per generation) after seeing promising results in the previous test that only used 20 individuals per generation. The percentages   Mon Mar 6 23:25:12 2023, Bryan Reynolds, Retroactive AREA update: December 26, 2022 AREA run- No linear freq. dependence test  The following is a run summary of the AREA test without the linear frequency dependence on the gain, with the frequency fixed (i.e. the same gain pattern is produced for all frequencies). This run was a preliminary test of the AREA algorithm after fixing long-standing errors in the algorithm and finding that the initial constaints implemented did not work with the frequency dependence on gain. Results from this run did show a "proof-of-concept"   Thu Apr 27 01:36:32 2023, Alex M, Results from paper symmetric run  The reviewer asked us to run the loop again but for just symmetric antenna designs. We have completed that run and have results ready. We still need to resimulate the top five individuals, which I'll update this post with later. I attached the violin plot (though it should be fixed to not let the legend overlap the data). See this previous entry for the details of the run: http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/GENETIS/198   Mon Dec 2 16:41:35 2019, Julie Rolla, Requesting an interactive job  Requesting an interactive job:   qsub -I -X -l walltime=1:00:00 -l nodes=1:ppn=40   Tue Feb 8 15:56:42 2022, Machtay, Rank Test Run  I fixed a bug in the loop, so we started another rank test run. Run details in the attached file. The bug was searching for the generationDNA.csv file in the wrong place, meaning that it wasn't able to copy it to the run directory. That meant we didn't have a record of the generation data in the usual format. I don't think that this explains the flatness, since the the generationDNA.csv   Mon May 29 20:21:07 2023, Dylan Wells, Pueo Physics of Results Plots 7x The Physics of Results Plots have been added to the Pueo Loop. The current version of the plotter is built for pueoSim v1.0 and located in ${WorkingDir}/Antenna_Performance_Metric (Hasn't been pulled into the loop directory yet). The pueoSim v1.0 IceFinal files were missing information on the RF direction and information needed to see an amplitude spectrum. I asked Will,   Fri Feb 22 15:43:36 2019, Julie Rolla, Proposal requests for XF (Remcom)  Here are a list of things we wish XF would do. We are keeping this list in hopes to add it to a proposal with them.  Save pictures of CAD drawings of simulations.  Close/quit XF GUI. App.quit doesn't actually work for us.  Suppress the GUI and run solely through terminal.    Sun Apr 30 03:45:07 2023, Alex M, Preliminary PUEO Run  We have the PUEO loop in working order, though there are a few errors in accuracy and efficiency. We started a preliminary run with few individuals and neutrrinos as a large scale test that may still give us some useful data.  For this run, we are only evolving the inner side length (10cm to 25 cm) and height (10 cm to 50 cm). The walls are slanted at 45 degrees, so   Fri Apr 1 16:35:50 2022, Ryan Debolt, Population test.  https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vvcmjByKfcns0-tbAjtePB8ZVGsXAKxXCfbMc99weMI/edit?usp=sharing Here is the spreadsheet link for the population test.    Fri Sep 3 14:06:39 2021, Alex M, Plots for 9/3/21 Collaboration Meeting  Here are plots I made for the meeting on 9/3/21. These plots represent a comparison of the gain and realized gain for the 23rd generation of the run being discussed in the upcoming paper. Here is a list of the plots Gain vs realized gain Polar plots of the best individual from generation 23  S11/VSWR plots Shows   Fri Sep 3 14:28:55 2021, Alex M, Plots for 9/3/21 Collaboration Meeting  This ELOG post contains plots I made this week for comparing the antennas as they were evolved in the run being discussed in the upcoming paper with those same antennas when using realized gain instead of gain. These plots are preliminary, in that they should be edited before being placed in a paper (for example, VSWR is not in dBi).   Sun Feb 19 17:12:34 2023, Jack Tillman, Physics Plots - 9_50, 13_84, 18_89, 19_96, 29_87  Attached is a pdf of physics plots generated for the 9_50, 13_84, 18_89, 19_96, and 29_87 crazy sides individuals along with another containing information on the amount of triggered events and effective volumes for each individual. The crazy sides individuals were simulated for 3 million events using the same Arasim version as is currently in the loop.   Mon Feb 6 13:20:26 2023, Dylan Wells, Physical Paramaters for the best antenna  Asym Straight Sides (from the paper - Generation 23, Individual 8) (inner radius, length, opening angle in radians) 2.08711,89.924,0.0161734 0.30175,45.3616,0.0910478 individual found in    Fri Feb 11 16:09:24 2022, Ryan Debolt, Parents.csv  Below is an example of our Parents.csv file written by the GA. This file tracks the parents of the individuals of the current generation. The columns and their contained information are as follows:     Thu Feb 24 20:08:46 2022, Ryan Debolt, Parents      Tue Jul 18 22:04:22 2023, Dylan Wells, Parallelizing pueoSim jobs  Currently, the PUEO loop runs pueoSim with 1 pueoSim process per job submitted. Each of these jobs has 1 node and 8 cores, however, pueoSim only needs a single core to run. Here is some data I collected by running the same seed of pueoSim with different numbers of cores in the job:   Tue Jul 25 16:07:25 2023, Dylan Wells, Parallelizing XF and pueoSim in the loop  Standard Loop Architecture: Complete an evolutionary step FOR EACH antenna before continuing on with the next step. Steps:   Fri Feb 24 10:05:38 2023, Alex M, Paper Symmetric Run for Reviewer  We began a new run for a symmetric bicone antenna. The purpose of this is to satisfy the most recent comments from the reviewer on the paper. We are using the same GA as for the paper with the same parameters. I will update this post soon with more details about this run. There is a run_details file attached, but please wait for me to update this post with more specifics as the version of the GA being used is less connected to the details presented   Mon Apr 24 13:09:36 2023, Dylan Wells, PUEO Plots Status 7x Plots we want to have for PUEO: FScorePlot2D Fitness_Scores_RG   Wed Jun 14 14:38:22 2023, Alex M, PUEO Antenna Dimensions  Here are my recommended starting genes for the initial generation of the upcoming run (confirmed that these will produce a working antenna in XF). We want to use the lowest values we can because we expect that a larger (namely, taller) antenna will perform better: S, H, x0, y0, yf, zf, beta   Wed Feb 6 17:30:51 2019, Julie Rolla, Our Github, Dropbox, & Slack links  Slack: https://gpantennas.slack.com/messages  elog:http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/GENETIS/   Thu Nov 10 10:42:20 2022, Ryan Debolt, Optimizations  This is the plot for the run type that had the best performance in the most recent optimization run that was completed. The most optimized runs from these collections are decided by which run types achieve a chi-squared value of 0.1 in the fewest generations (correlating to about a 0.9 fitness score). However, the genetic algorithm does not use Chi-squared directly, instead trying to maximize the fitness score (which uses a chi-squared in the denominator)   Wed Jun 28 15:49:44 2023, Ryan Debolt, Optimization Runs 6/12/2023  All data and plots discussed in this post are taken from this spreadsheet: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BbpD81mugWQf10ozGDLI60takAn3tlvrq8ksT10yV5I/edit?usp=sharing Run Details:   Sun Oct 20 13:11:09 2024, Dylan Wells, OSU Physics Scholarship Opportunities  Here are some scholarships available to physics majors I've been lucky enough to receive throughout undergrad that allowed me to work on this project unpaid without needing supplemental income from a separate job or loans.  1. OSU   Mon Aug 21 15:47:13 2023, Amy, OSC license agreement to be able to use XF  Attached is the license agreement that each person should sign to be able to use XF on OSC.  You can sign it, send it to Amy, and she will return it to OSC with her signature on it.   Wed Mar 18 15:01:10 2020, Julie Rolla, ONBOARDING: Tutorial Projects, Reading, Setup, etc. for New Students  For each new student joining the group, we ask them to onboard by completing each of the following items in the order given: (1) Go to osc.edu and request an account https://www.osc.edu/supercomputing/portals/client_portal/self_signup_for_accounts Fill   Wed Feb 27 16:29:35 2019, Julie Rolla, New To-Do List  Here are the following things we need to work on:   Paper (Julie and Suren) Get loop working-- specifically XF (Cade) Test GA (Suren) Gain pattern plots   Fri Mar 19 17:39:47 2021, Alex M, New Run  We began a new run using the same parameters as the previous one (see the last ELOG entry). The previous one ran for 8 generations. The difference between this run and the last one is that we have added in the polarity fix for AraSim Brian and Jorge gave us (copying the correct Report.cc and Report.h files into our AraSim version). Here are the run parameters:   Thu Jun 30 13:04:48 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2  This is a multigenerational tracing of our second-best individual's parents and children: The second-best individual in this evolution was Bicone 22 from generation 40. This individual is, in fact, a fascinating case as we shall see. But to start the story of this individual we will go back   Fri Jul 8 13:34:08 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2      Fri Jul 8 13:35:19 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft 2  The second-best individual in this evolution was Bicone 22 from generation 40. This individual is, in fact, a fascinating case as we shall see. But to start the story of this individual we will go back to generation 38 in order to demonstrate some of the peculiarities.      Tue Jun 21 13:20:41 2022, Ryan Debolt, Multigenerational Narrative draft  The story of individual 8 from generation 18. (draft)   Once, there was a curved bicone named individual 8 who was from generation 18. In many ways, it was similar to many other bicones   Mon Nov 23 18:02:40 2020, Ryan Debolt, Monday Updates  Alex M Kept working with Amy, Alex P, Julie, and Ben on the AraSim fix. We fixed our issue from last week but have a new one in stage 2. It looks like the issue has to do with resetting the values for V_forfft right before stage 2 (around line 963). Check here for the current version of Report.cc: /users/PAS0654/pattonalexo/EFieldProject/11_23_20 Ryan Fixed   Mon Nov 30 17:00:31 2020, Ethan Fahimi, Monday Updates  Alex M Kicked the loop back up. Helped Ethan and Parker with their projects during the working meeting. Ryan Changed the tournament/roulette ratio, reproduction_no, and crossover_no to be read in variables in the GA to increase the quality of life when running the algorithm and to prep the code for some testing. Format for how to call   Mon May 1 05:45:02 2023, Alex M, Midscale PUEO Run  I've started a run of the PUEO loop to get some data for evolving the antenna width and height. We are running with 24 individuals, each with 400k neutrinos at an energy exponent of 19. Here is the output directory: /fs/ess/PAS1960/HornEvolutionOSC/GENETIS_PUEO/BiconeEvolution/current_antenna_evo_build/XF_Loop/Evolutionary_Loop/Run_Outputs/2023_05_01_Test_5 It's very important to note that the cross-pol data being used still comes from the data already stored in pueosim. This is because our extremely   Tue Jun 7 14:14:21 2022, Dylan Wells, Matching Circuits Slides  Slides contatining my notes on matching circuits. https://docs.google.com/presentation/d/1x25nhiqaW7LvPZ1pNZ5O4ZzsWZbtgqxBQ5haB9uWgQY/edit?usp=sharing   Mon Feb 6 10:23:53 2023, Dylan Wells, Matching Circuit Parts   Attached is a spreadsheet with the information on the parts we need for the N=14 matching circuit board. https://docs.google.com/spreadsheets/d/1x8dX3tNE-WSHjH_slj_EH4XsHcAnCVC05XiRBFPtIUc/edit#gid=0   Wed Sep 8 16:36:33 2021, Alex M, MODE Workshop Presentation  We presented at a workshop put on by the MODE collaboration. MODE is a collaboration dedicated to applying Automatic Differentiation to detector design. Here's the website: https://mode-collaboration.github.io/#:~:text=MODE%20(for%20Machine%2Dlearning%20Optimized,in%20space%2C%20and%20in%20nuclear     Fri Feb 4 16:50:09 2022, Ryan Debolt, Loop Run  Run Type Main Arasim Loop Run Date 02/04/2022 Run Name 2022_02_04_Rank Why are we doing this run? To test rank selection in main loop What is different about this run from the last? Rank Slection is being used. Parents.csv introduced. Elite is being turned off. Symmetric, asymmetric, linear,   Fri Jan 29 15:59:21 2021, Alex M, Loop Demonstration Video  Here's the video I made a few months ago demonstrating how to run the loop. There might be some changes that have been made since then, but they'll generally be minor so it should still be representative of what running the loop looks like. It might need to be shared with you through the Microsoft drive service OSU gives us in order to view it, so either message me on Slack or email me at machtay.1@osu.edu and I'll share the link through there.   Thu Feb 21 14:07:14 2019, Julie Rolla, Logging into Nutau via XRDP  As mentioned in the manual, using ssh to login to Nutau causes delays; the XFdtd GUI cannot be surpress and must be forwarded via X11 forwarding, and this is extremely slow. We are currently looking into using a newly suggested option, XRDP. Information will be added as this process continues.    Wed Aug 2 12:49:57 2023, Dylan Wells, Line of Best-Fit Straightened Sides Antenna  Previously, we have tried to straighten the sides of the best-evolved curved antenna in elog 229. However, there were potential issues with how closely this line resembled the curve of the antenna. So, I attempted to create another straightened sides antenna using a linear regression model to find the best fitting line for the curve to create   Tue Jan 19 19:00:30 2021, Alex M, Latest Run Details/Running on Slurm  OSC managed to figure out our issue with running XF from an interactive job on Slurm. Previously, we were losing our connection to x11 forwarding. The solution is to use sinteractive instead of srun to obtain an interactive job. Here's the syntax: sinteractive -A PAS0654 -t <time> -N 1 -n 8 -p serial   Tue Aug 16 11:41:07 2022, Dylan Wells, Instructions for Running IceMC  Running IceMC:   Go into the directory ../anitaBuildTool/build/components/icemc/   Wed Aug 10 22:38:20 2022, Dylan Wells, Instructions for Installing IceMC  Installing IceMC: I: Getting anitaBuildTool Clone the anitaBuildTool repository (https://github.com/anitaNeutrino/anitaBuildTool)   Mon Mar 20 16:31:09 2023, Alex M, Installing PUEOsim  Will sent me some info on how to install PUEOsim. I attached a markdown file he sent for how to install PUEOsim. He also sent the path to pre-compiled installation of PUEOsim. Here's the path to the pre-compiled installation: /users/PAS0654/wluszczak/PUEO_shared Here is his full message, which details that you must also run set_env.sh before running PUEOsim:   Mon Jun 6 14:19:59 2022, Alex M, Important Runs (2)  This is a duplicate post of a previous post from the end of 2020 where I listed the important runs with some of their details in a table (as below). I am extending this table to include the important runs that have been conducted since this post. This includes the run used for the paper as well as the curved run done earlier this year.   Mon Dec 7 22:51:08 2020, Alex M, Important Runs  Today I removed some of the run directories which had very little or no data or weren't worth keeping around. There are still a few that I think can be removed, but I'm keeping them until we can get a consensus that they can definitely be removed. Below I listed the names and descriptions of the runs that I think we should definitely preserve going forward. In general, the more data contained in the run directory, the more important it is to   Fri Apr 8 16:07:22 2022, Alex M, Identical Asymmetric Lowered Length Minimum Run  We are trying to do a short run of the asymmetric bicone so that we can see how it tries to evolve the antenna when the minimum length is lowered from 37.5 cm to 10 cm. Currently, there is a problem with the loop in the asymmetric version. Attached is the run detail file.   Mon Oct 24 17:44:51 2022, Ryan Debolt, Icemc inputs  Here is our current assumption of the antenna angles needed for the icemc inputs.    Fri Sep 2 12:40:17 2022, Alan S, Ice Shell Around Bicone  Here is a PDF with a summary/log of my work trying to integrate an ice shell surrounding the bicone antennas in the GENETIS loop. I made gain patterns of the ARA bicone with the ice shells and without them, showing the impact of the ice on the antenna's gain. Having an ice shell changes these patterns, which are also dependent on the radius of the shell. I showed that convergence on the gain patterns and expected features start   Wed May 10 17:43:20 2023, Alex M, How to run the loop  In this post, I'm going to give step by step instructions on everything you need to do to run the loop. See Julie's thesis for the most recent iteration of this manual. Also refer to entry 123 for a list of some errors we have encountered historically in the loop and how to resolve them, though some fixes may be outdated.   Tue Aug 9 15:28:50 2022, Ryan Debolt, How many individuals to use in the GA.  One of our foundational questions tied to the optimization of the GA has been "How many individuals should we simulate". Up to now, our minds were made up for us by the speed of arasim being great enough that the time cost of simulating individuals was great enough that the improvements made from having more were not enough to justify the slowdown. However, with the upgrade to the faster, more recent version of arasim, I decided to re-examine   Wed Apr 5 17:21:07 2023, Nick King, H-pol XF Design  Work in progress. Update on H-pol XF design. The first plot is the gain pattern with ferrite rod sets (blue) vs. with nothing but the copper plates.  The second plot is the gain pattern with everything but the ferrite rod sets vs. with nothing but the copper plates. The ferrite rod sets function to narrow the gain pattern.   Thu Jun 1 21:49:29 2023, Dylan Wells, Guide to Updating pueoSim   How To Update PueoSim For GENETIS:   First, whoever updates pueoSim needs access to pueoBuilder, pueoSim, and niceMC on GitHub (ask Will for permissions).   Wed Dec 2 15:24:39 2020, Alex M, Guide for Loop Errors  Attached is a .txt file you can find in the Evolutionary_Loop directory as Loop_Error_List.txt. It's a list of the current errors we sometimes experience in the loop, along with how to fix them if you encounter them while running. If people encounter errors that aren't in the list, let everyone know in the #genstudents chat on slack and update the file with the error message and when it was encountered (what state the loop was in) and the possible   Mon Jun 5 15:00:07 2023, Ryan Debolt, Github tests  We want to automate tests in pull requests in GitHub to run unit tests on individual functions to ensure they return the expected results. This will help prevent bugged code from being pushed to working branches. We will add a list of unit tests to this ELOG as we design them.     Thu Jun 29 12:05:45 2023, Alex M, Gain at various source heights 17x Here are a collection of antenna gain patterns with the antenna power source located at various heights at 500 MHz. The heights are indicated in the name of the images and were located at 3cm, 6cm, 12cm, and 24cm from the base. One thing to note is that the power source becomes longer as a function of height (since it's connected to the ridges, which slope back).    Tue Feb 4 17:17:10 2020, Julie Rolla, GENETIS working meeting   As of 01/30/2020, the proposal was submitted! The project description and summary are attached below.  Bicone Loop Status Update:  The loop currently runs; however, it does seem that if AraSim jobs are left to run while the user is away, it doesn't properly write one or more of the flags, and makes the loop get stuck at   Wed Feb 6 17:36:24 2019, Julie Rolla, GENETIS update 2/6  Atttendance: Julie, Max, Cade, Suren, Evelyn, Sophie   Today's tasks:   Wed Mar 29 18:36:29 2023, Alex M, GENETIS Working Meeting Update  This is an entry for the usual Wednesday working meeting GENETIS holds. We are largely carrying on from last week's hackathon hammering out the remaining pieces that need to be fixed. See the previous ELOG post for a list of those. Alex   Wed Mar 4 01:00:35 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting 03/03/2020  Attendance: Julie, Mitchell, Ryan, Alex P., Leo, Alex M. Today's Tasks Mitchell: Worked on Python Project and helped with Ryan's final bash project questions   Mon Feb 10 14:20:56 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting   Today's Tasks Julie: Write bash practice assignment, assist others when they have questions, work on Git lecture. (Will finish bash assignments early next week)   Wed Feb 12 01:18:22 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting   Today we continued with the to-do lists items previously posted. I marked all the to-do list items that have been completed with green and a slash. Note that I have also added a new item at the bottom of the to-do list.     Fri Feb 14 16:44:44 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting   Today's Tasks Julie: Write Python project! I have officially finished the bash course for the students. It can be found here: https://docs.google.com/document/d/1nGdPrwfYJOrO6NBT76Wsh6T0hDmGHo2-23oJ1WyeNcs/edit?usp=sharing. Mitchell is currently trying it out and will give me comments.    Tue Feb 18 16:20:59 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting   Today's Tasks Julie: Continue writing Python project!  Mitchell, Evelyn, Eliot (not here on Tuesdays), Ryan: Work through bash project Leo: continuing gathering information for the "physics of antennas" lecture series! We start this Friday   Fri Feb 21 16:47:21 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting   Today's Tasks Julie: I finished the Python assignment. I am making sure my solutions encompass all of the different ways to solve this, and will then start on the C++ project.  Mitchell, Evelyn, Eliot, Ryan: Work through my bash project.   Sat Feb 29 02:21:16 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting  Attendance: Julie, Mitchell, Ryan, Evelyn, Eliot, Alex M. Today's Tasks Julie: Worked on C++ project, and helping others with the Python project; I also made additions, clarifications, and edits to the Bash project (also updated the solutions and pushed them to gitHub). I still need to do the following:   Fri Mar 6 15:01:37 2020, Julie Rolla, GENETIS Working Meeting  Attendance: Julie, Evelyn, Mitchell, Ryan, Alex M. Since we have been having issues with the lack of availability of GPUs on OSC, we have come up with a new to-do list: Try to keep running on Pitzer with 1 core instead of 40. Based on first attempts, it is saying this will reduce wait times to ~3 hours   Mon Sep 14 17:23:26 2020, Alex M, GENETIS Update 9/14/20  I just wanted to give an update on what I've been doing today for GENETIS. I went ahead and recorded myself running the loop. It should be useful for new people we're onboarding but I also went through a whole generation, which I think is interesting for everyone to understand the timescale of each part of the loop. I'm making a small edit (I have no clue how to edit videos haha) so once I'm done I'll try to send it via email and   Tue Mar 17 16:18:29 2020, Julie Rolla, GENETIS Planning Meeting   Attendance: Julie Rolla, Alex M.  Today Alex and I met to discuss how to move forward given the COVID-19 restrictions. We have resent out a message polling people's schedules to create online working sessions. Here is what we are planning:   Wed Feb 6 17:23:18 2019, Julie Rolla, GENETIS Paper working draft  The current working draft of the GENETIS paper can be seen here: https://www.overleaf.com/6783528497tvqbjphsgvzn   Additionally, here's our outline for the paper. The section assignments are as follows:   Thu Apr 2 16:14:29 2020, Julie Rolla, GENETIS Meeting update  This is a general update. Most of our recent meetings have been to teach the students to use Git properly, or to answer questions on the training modules.    Update  1. Git Update: I recently cleaned up our Git and GitHub so that we have   Tue Apr 7 15:48:54 2020, Julie Rolla, GENETIS Meeting Update  Meeting Attendance: Julie, Alex M., Alex P, Eliot, Leo, Evelyn, Mitchell, Ryan.  Today is the deadline for confirming our attendance at the virtual APS meeting. Alex M. will be confirming and we will be orienting ourselves so that we can have some results. Here is our to-do list for today:   Mon Apr 13 14:43:54 2020, Julie Rolla, GENETIS Meeting Update  Note that Pitzer usage over the weekend was much better! Maybe weekends are our best time to run? Today (Monday) has been a little bit worse.  Over the past few days the following items have been accomplished: We got the jobs to stop canceling on OSC. Issue was the destination command for the error and output files for the   Thu May 7 14:35:00 2020, Julie Rolla, GENETIS Meeting Update  The students have been meeting to work out the summer schedule. We are dividing into to groups: (1) Paper writing: Julie, Alex M., Alex. P We need Amy to start an overleaf draft (she has the premium version that allows you to share with more than 1 person)   Mon May 11 17:56:36 2020, Julie Rolla, GENETIS Meeting Update  We met today for a long time and pushed to catch up. The following is what we have done: (1) Worked for a bit on our current tasks. They will work on these current tasks before they start on their summer projects.  Antenna database (Julie, Alex P., Alex M.) Worked on a paper outline (Julie, Alex M.) Worked on wall time variable   Sat Nov 30 22:04:30 2019, Julie Rolla, GENETIS Loop Work: Fixing Consol Errors  GENETIS Loop Work: Fixing Consol Errors By Julie Rolla 1. Python programs are not running: I think either (1) the user isn't module loading python, or (2) they are loading the wrong version of Python (remember there's a discrepancy for Python2, and Python3).    Mon Mar 27 13:10:02 2023, Alex M, GENETIS Hackathon Summary and Next Steps  This entry will serve to summarize what tasks we've completed and still need to complete after last week's GENETIS hackathon. Alex My focus was on the XF scripting for making the PUEO antenna. Before last week, we had a script which made the geometry of a PUEO-like antenna.   Tue Mar 21 17:58:21 2023, Alex M, GENETIS Hackathon Day 2  Today was day two of the GENETIS hackathon. See the previous entry for details on day one.    Alex   Mon Mar 20 17:32:42 2023, Alex M, GENETIS Hackathon Day 1  Today was the first day of the GENETIS Hackathon. We are spending several days this week specifically tackling the PUEO project to get it into full form (or close to it). Here is a progress update after day 1.     Tue Apr 6 18:00:23 2021, Julie Rolla, GENETIS Google Drive with Talks/Posters, Grant writings, Papers  https://drive.google.com/drive/folders/1iDamk46R2_oOLHtvsOg4jNy05mCiB7Sn?usp=sharing   Tue May 19 12:20:40 2020, Alex Patton, GENETIS Daily Updates  Today's Summer 2020 daily update: As a note, today OSC was down so productivity was more limited Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex M. Mostly just wrote more on the paper in the Genetic Algorithm section. I added some citation that we used in ICRC but there are   Thu May 28 15:11:35 2020, Alex Patton, GENETIS Daily Update 5/28/2020  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M. I wasn't available Thursday or Friday morning. My goal on Friday is to help Alex P. more with finding the cause of the 0 effective volumes we're getting (and also the high   Mon May 18 15:13:13 2020, Julie Rolla, GENETIS Daily Update   Today's Summer 2020 daily update:   Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex M. (See Alex P. for details on working on fixing loop issues)   Wed May 20 10:59:29 2020, Alex Patton, GENETIS Daily Update  Today's Summer 2020 daily update:   Learn how to use the final part of the loop Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex   Thu May 21 14:31:08 2020, Alex Patton, GENETIS Daily Update  Today's Summer 2020 daily update:   Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex M. Continued the run testing the XF fixes with Alex P. We think our fixes are working, but we want to get a few more generations through.   Sun Apr 19 21:16:21 2020, Alex Machtay, GENETIS APS Slides  Here's the presentation we gave for the April APS meeting today. Atttached is the power point of the presentation and a pdf version.    Tue Aug 9 11:36:24 2022, Ryan Debolt, GA User guide (pdf)      Fri Feb 4 17:59:41 2022, Ryan Debolt, GA Updates  The following plots are ittereations if the test loop that add increasing improvements to the GA. The first plot shows the GA's behavoir unaltered from our previous runs (80% roulette, 20% tournament elite selection on). The second plots shows when we use 90% rank selection and 10% tournament, elite selection off.   Fri May 20 14:26:39 2022, Alex M, GA Papers  I'm making this entry so that I can record some interesting papers we find on genetic algorithms. Feel free to update this list with links to papers and maybe make a description of what was interesting/of note in the paper.     Fri Aug 21 15:19:10 2020, Ryan Debolt, Friday Updates  Name Update Plans for next week Alex M     Alex P     Eliot     Leo     Evelyn     Ryan This week I completed work on a set of graphs that shows many instances of of a run type on a graph to show the spread that runs give. I am still working on   Fri Dec 11 17:47:48 2020, Ethan Fahimi, Friday Updates  Ethan F Fixed the issued AREA was having with finding test_{ind}.txt, now to fix problems with finding Veff and the project should be working.                           Fri May 20 17:17:32 2022, Ryan Debolt, Fitness Functions Test 8x Bellow lies plots testing different scores and comparing them using a chi^2 score. The functions used are as follows Gaussian: e^(-2) (Red)   Fri Aug 28 16:31:56 2020, Alex M, First Results Slides  Here's a power point I showed today at the GENETIS meeting for the two most recent runs we did. The first run was symmetric and we ended it at 15 generations. The second one is ongoing and is shown up through generation 9 on the power point.   Tue Apr 4 13:51:56 2023, Alex M, Final To Do List for PUEO Loop  At the main GENETIS meeting yesterday, we collected the last few things that need to be worked out in order to get the PUEO loop in working order. Here's a list Skeletonize the xmacros (Alex)  04/10/23 In progress   Tue Nov 5 16:19:20 2019, Julie Rolla, Fall update  We are off again with a new team. The new team consists of Alex Machtay, Alex Patton, Cade Sbrocco, Eliot Ferstl, Evelyn Shank, Mitchell Halley, Scott Janse. A spreadsheet of tasks and deadlines can be found here: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1CkcdbediFbripdlwPw6UmhAHdAl5IdkL2efaseJkTTM/edit#gid=0 Updates:   Wed Jun 3 15:20:04 2020, Julie Rolla, Existing Info for Current Projects  Paperclip Antenna (Ryan and Evelyn working on it): https://github.com/gp-antennas/Sph._Harmonics_And_Paperclip Asymmetric Bicone (Leo and Eliot working on it):   Fri Jun 2 00:21:36 2023, Ryan Debolt, Error test results  Attached is a plot containing bar graphs with error bars representing the average number of generations it took for the GA to achieve a chi-squared value of 0.25 (roughly equated to a 0.8 out of a max 1.0 fitness score). Unlike the fitness scores used by the GA, these values do not have simulated error attached to them and are therefore a better measure of how well the GA is optimizing. These results were obtained by running 10 tests in the test loop for each   Tue Jun 28 12:49:53 2022, Dennis Calderon, Effective Volumes from AraSim: Curved Sides and Straight Sides (Paper Run)  Summary of results for 3million event simulations in AraSim with both GENETIS version and more recent {~11/2021) version. Using errors for effective volume from the .out files. Example shown below.   Sun Jun 18 21:32:03 2023, Dylan Wells, Default Toyon Antenna Simulation  To act as our comparison to the evolved antennas while plotting, we have done a simulation of pueoSim with 4,000,000 neutrinos for the measured toyon gains found in /fs/ess/PAS1960/buildingPueoSim/pueoBuilder/components/pueoSim/data/antennas/measured In order to run the jobs, I used the runJobs.sh script found in /fs/ess/PAS1960/buildingPueoSim which submits job runs of 40,000 neutrinos   Mon Oct 5 21:06:29 2020, Everyone, Data Runs  Machtay_20200831_Asym_Length_and_Angle    10 individuals Machtay_20200911_Symmetric                             10 individuals, fewer neutrinos   Fri Aug 7 14:16:01 2020, Alex M, Daily Update 8/7/20  Name Update Plans for Monday Alex M     Alex P   Wed Aug 5 16:08:40 2020, Alex M, Daily Update 8/5/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M Continued running the loop up to gen 15. I also adjusted the LRTPlot script so that it can slightly spread the points along the generation axis so that you can see overlapping points, but I still need to implement this in the loop.    Tue Aug 4 17:30:09 2020, Alex M, Daily Update 8/4/20  Name Update Plans for tomorrow Alex M I've continued the run I started yesterday. I ran into a bug where the LRT plots weren't being made but it should be fixed now. The loop is on generation 10, but it hasn't really converged or shown a clear pattern. We'll keep this run going until at least gen 15 probably. If   Mon Aug 31 18:32:21 2020, Alex M, Daily Update 8/31/20  Name Update Plans for tomorrow Alex M I started working on the slides for our meeting with Wolfgang this Friday. I'll share it via one drive/email/slack tomorrow for comments from everyone.   Mon Aug 3 16:39:56 2020, Alex M, Daily Update 8/3/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M I fixed the issues I outlined a little while ago that we needed to resolve before starting a real run. I started a real run with 10 individuals for up to 20 generations using the database for a symmetric bicone. The name of the run is Machtay_20200803_Master_Symmetric_Database_Real (whew!). Right   Mon Aug 10 16:12:28 2020, Alex M, Daily Update 8/10/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M Over the weekend I tried making some fixes we discussed. I fixed the roulette algorithm (the symmetric version) so that the random number generator is only set once and then passed to functions. It will now print the values in the generator to files to be plotted. I tried running the loop   Thu Jul 9 16:54:27 2020, Alex M, Daily Update 7/9/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M Finished running the loop for 15 generations. The last plots are on Dropbox under Length_Cutoff_Test_3. There are three things to fix before running this version of the loop again. See below the table.   Wed Jul 8 15:09:42 2020, Alex Patton, Daily Update 7/8/20  Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex M Continued the run from yesterday. Alex P and I applied the changes we made to the bash script for fixing the bugs we found in the simulation number to the database version. Once we get 15 generations of data for this run we'll start testing the database version. Once that works   Tue Jul 7 14:39:12 2020, Alex Patton, Daily Update 7/7/20  Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex M Found a bug while running the loop, fixed it and starting running again. Added a few things to the paper. Alex and I will keep the loop running tomorrow. We're gonna try to meet with Eliot and Leo to work on implementing the bug fixes   Thu Jul 30 15:36:54 2020, Alex M, Daily Update 7/30/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M Tested the database setting for the symmetric loop. It ran well and gave correct results, so all that's left to test is the asymmetric loop (going to start that momentarily).    Mon Jul 27 16:52:20 2020, Alex M, Daily Update 7/27/20  Name Update Plans for Tomorrow Aelx M Leo, Julie, and I merged the two dev branches (Antenna_Database and asymBicone) onto master. I think I resolved all of the conflicts and successfully merged. I'm going to start testing by running each setting (original, database, and asymmetric) through generation 1 to make sure   Fri Jul 24 16:25:06 2020, Alex M, Daily Update 7/24/20  Name Update Plans for Monday Alex M     Alex P     Eliot     Leo     Ryan     Evelyn     Ben     Ethan         Thu Jul 23 16:44:05 2020, Alex M, Daily Update 7/23/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M Leo and I continued working on the roulette algorithm for the asymmetric bicone to try to get the evolved generations to match the original and database ones. We went through the mutation part of the algorithm and made sure we were rrunning all of the random number sequences in the   Tue Jul 21 17:01:58 2020, Alex M, Daily Update 7/21/20  Name Update Plans for tomorrow Alex M I replaced AraSim on Eliot's user with the one we have on the shared space since I wasn't able to compile his yesterday. It compiled correctly and I ran the loop but got the same results from last week (effective volumes that differed from the ones we got in the original and database   Wed Jul 22 16:00:18 2020, Alex M, Daily Update 7/21/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M Leo and I worked on the roulette algorithm to figure out why the new individuals being formed are different in the asymmetric bicone version of the loop than the original and database versions. We made some fixes, but we came across a complicated problem. Essentially, we think that the difference   Mon Jul 20 17:01:35 2020, Alex M, Daily Update 7/20/20  Name Update Plans for tomorrow Alex M The arasim jobs I submitted over the weekend kept failing. I've been looking for the cause but I can't pinpoint it right now. The issue arose on Friday when I overwrote the version of Report.cc on Eliot's user with the one we have on the databse branch (but I don't   Thu Jul 2 15:03:39 2020, Alex Patton, Daily Update 7/2/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M Worked with Alex to change the roulette algorithm to implement a cut on the minimum length for the Antennas. Amy showed that we don't want to generate antennas which are shorter than 37.5 cm in length (for each cone, so a total of 75 cm all together) because anything shorter   Fri Jul 17 18:09:16 2020, Alex M, Daily Update 7/17/20  Name Update Plans for Monday Alex M We may have found the error in the asymmetric bicone. It appears there may have been two problems. First, the setup for the simulation_PEC.xmacro script in the asymmetric version appears to have been slightly different in that the positions of the cones, relative to the positions of the coordinate   Thu Jul 16 15:18:32 2020, Alex Patton, Daily Update 7/16/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M (See below the table for a review of the past couple of days since ELOG has been down.) We may have found what was causing the error in Eliot and Leo's version. They were getting 0 effective volumes. I edited their output macroskeletons   Mon Jul 13 15:34:40 2020, Alex M, Daily Update 7/13/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M Alex and I continued running the loop for the database test. We ran into an error over the weekend that was affecting generations after gen 0. Alex fixed it this morning and continued the run.    Mon Jul 13 15:35:06 2020, Alex Patton, Daily Update 7/13/20  Name Update Plans for Tomorrow Alex M       Fri Jul 10 16:35:26 2020, Alex M, Daily Update 7/10/20  Name Update Plans for Monday Alex M Yesterday we started a run of the database version of the loop. The goal was to use it to replicate the results from the run we finished yesterday using the same parameters (NPOP=8, SEEDS=10, bicone separation = 0.05 cm). We initially ran into problems with the databse which we   Wed Jul 1 16:18:35 2020, Alex M, Daily Update 7/1/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M Worked to make the frequency plots up to ~2.5 GHz. Amy said we should put a cut off for the length of the antennas based on the minimum frequency, but right now I'm not sure how to find what that minimum length should be based on the frequency   Tue Jun 9 15:00:09 2020, Alex Machtay, Daily Update 6/9/20  Name Today's Update Plams for Tomorrow Alex M Alex P and I kept working on finding differences in AraSim between antennas. We still haven't found any and we've checked: electric field, maximum peak voltage, effective height, threshold (factor and offset), and the fft (and   Tue Jun 30 17:12:32 2020, Alex M, Daily Update 6/30/20  Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex M Continued looking in XF for why the frequency where two antennas separated by a small amount give the same gain. I made a script which plots the gain at each frequency for a chosen number of individuals at a specific polar angle and used it on   Mon Jun 29 15:57:41 2020, Alex Patton, Daily Update 6/29/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M Worked with Alex P to look at the different gain patterns for antennas with different separation distances. We found that there wasn't a clear frequency where they started to agree--looking at the average frequency gain plots we sent on slack, they look very different. We're trying   Thu Jun 25 15:22:50 2020, Alex Patton, Daily Update 6/25/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M Worked with Alex P on figuring out why we keep evolving towards small antennas. We think it's because the initial angle is so large, and the standard deviation of makes it more difficult to bring the antenna within the confines of the hole by mutating the angle than by mutating   Wed Jun 23 16:34:10 2021, Ethan Fahimi, Daily Update 6/23/2021  Name Progress Plans Alex M     Lydon     Ryan     Ben     Ethan With   Tue Jun 23 14:37:07 2020, Alex Patton, Daily Update 6/23/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M Worked with Aelx P on running the loop with decreasing grid spacing. I also worked in the XF GUI some more and figured out how to make 3D gain plots (per Cade's suggestion) and tried comparing different grid sizes for a single antenna with proGrid on.    Mon Jun 22 13:52:32 2020, Alex Patton, Daily Update 6/22/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M Worked with Alex to run XF with smaller grid spacing. We're down to 0.001 cm, but below that we were getting long times on the XF GUI that made it seem like it was hanging. I also investigated XF from a Pitzer desktop to see how to use the progrid setting. I can get the scripts   Fri Jun 19 16:27:53 2020, Alex Machtay, Daily Update 6/19/20  Name Today's Update Plans for Monday Alex M Ran the loop with the same individuals in each "generation" to test how decreasing the grid size would affect the effective volume. Using individuals with lengths of 5cm, I startde with a grid spacing of 0.01 cm and kept cutting down   Thu Jun 18 14:33:32 2020, Alex Patton, Daily Update 6/18/20  Name Update for Today Plans for tomorrow Alex M Alex P and I implemented the changes we discussed with Amy to Detector.cc. We're currently running a test to see how the grid spacing affects the gains from XF. We started with small antennas using a grid spacing of 0.01 and we're cutting down by factors of 2 each generation   Wed Jun 17 17:21:16 2020, Alex Machtay, Daily Update 6/17/20  Name Update for Today Plans for tomorrow Alex M Worked more with Alex P on AraSim. We've found the cause of the low effective volumes. The function GainToHeight in Report.cc uses another function called GetGain_1D_OutZero in Detector.cc. The problem is that for some small individuals, we get   Tue Jun 16 16:10:52 2020, Alex M, Daily Update 6/16/20  Name Update for today Plans for Tomorrow Alex M Continued working to find the AraSim error. We think we're very close to finding where the difference between the two individuals (one with nonzero effective volume, one with 0) is arising. We've pinned it down to a series of if statements   Mon Jun 15 15:52:45 2020, Alex Patton, Daily Update 6/15/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M Worked with Alex P on looking for the problem in AraSim. We looked in Report.cc where Amy suggested there was an inequality involving a variable called "Full_window" being compared to the trigger threshold. We followed this down to another function in Report.cc where Full_window   Thu Jun 11 15:14:33 2020, Alex Patton, Daily Update 6/11/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M Helped Alex P look through AraSim some more. We wanted to keep trying to nail down whether or not the threshold was passed (the files said no before, but we wanted to try confirming by looking at the actual values). The files were big but from the values we saw none exceeded the threshold   Wed Jun 10 15:47:43 2020, Alex Machtay, Daily Update 6/10/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M I wasn't available for most of the day, but I jumped onto the meeting to help Alex P continue looking for the problem with the effective volumes. Amy asked us to investigate the phase responses coming out of XF. I posted the plots in the   Thu Nov 19 16:42:06 2020, Alex Patton, Daily Update 11/19/20  I hopped on with Alex M to catch him up with what has been done and changed within AraSim so far. I looked into using pointers to access arrays outside of their declared scope and it seemed reletively easy to set up. I set up a pointer corresponding to the arrays V_forfft, T_forfft, and vmmhz_filter and set them at the end of stage one in order to be used in stage two. Also made sure to delete the pointers at the end of stage 2 (Very Important). After   Fri Oct 9 17:37:57 2020, Alex Patton, Daily Update 10/9/20  Name Update Plans for Monday Alex M     Alex P, Ryan, and Ben Got all functions finished and worked on adding them to main.   Fri Oct 30 17:30:16 2020, Ethan Fahimi, Daily Update 10/30  Name Progress Plans Alex M     Alex P     Ryan Attempted to make a  new mutation function for the algorithm to try and address the concerns about hitting local maximums from Wednesday. Unfortunately, the   Mon Nov 30 16:59:39 2020, Ethan Fahimi, Daily Update 10/30  Name Progress Plans Alex M     Alex P     Ryan Attempted to make a  new mutation function for the algorithm to try and address the concerns about hitting local maximums from Wednesday. Unfortunately, the   Mon Oct 26 17:59:10 2020, Ethan Fahimi, Daily Update 10/26  Name Progress Plans Alex M     Alex P     Ryan I have the testing loop finished with plotted results now. The program was able to reach optimal results very quickly. It used 100% tournament selection   Mon Oct 19 17:02:12 2020, Ethan Fahimi, Daily Update 10/19  Name Progress Plans Alex M     Alex P     Ryan Alex P. and I put the outer radius constraint into the Asymmetric our version of the algorithm. I have also created the pseudo-fitness function to be able to   Fri Oct 16 17:32:49 2020, Alex Patton, Daily Update 10/16/20    Update Plans for Monday Alex M     Alex P and Ryan Made new version of our modified GA that is asymetric. We didn't   Mon Oct 12 17:34:29 2020, Alex Patton, Daily Update 10/12/20  Name Update Plans for Week Alex M     Alex P, Ryan, and Ben Finished up writing the updated GA and got it compilable   Tue May 26 16:38:26 2020, Alex Machtay, Daily Update  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M. Continued working on fixing bugs with Alex P. I had a run from over the weekend which got through a few generations, but we're suspicious because the effective volumes are very high despite the antenna dimensions being very small. I made   Fri May 29 17:36:04 2020, Alex Machtay, Daily Update  Name Today's Update Plans for Monday Alex M I wasn't available in the morning. I met with Amy and Alex P around 1 to talk about how to use the AraSim function for throwing the same neutrinos to search for bugs in the loop. We want to compare three types of antennas we've   Fri Jun 26 16:13:18 2020, Alex M, Daily Update  Name Today's Update Plans for Monday Alex M Worked to run the loop with Alex P to test a smaller initial mean and standard deviation of the opening angle. Worked some more on the paper too--I fixed some citations issues (and found some good ones to add) but the references are still spilling   Mon Jul 6 16:49:21 2020, Alex M, Daily Update  Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex M Fixed up a few more errors in the new roulette algorithm with the length cut. Started a run to test the loop.    Tue Aug 11 19:56:45 2020, Alex M, Daily Update  Name Update Plans for tomorrow Alex M I worked on fixing the AraSim issue today. I think I have it resolved. Essentially, I made a second set of flags that the loop will look for and use the first set of flags to tell the loop which error files to look at to look for the phrase "segmentation fault." If it sees   Mon Jun 8 15:16:16 2020, Alex Patton, Daily GENETIS Update 6/8/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M. Worked with Alex on finding the variables Amy suggested to us in AraSim. We found the Efield and max peak voltage variables and printed them, comparing three antennas: a small one with normal veffective (nonzero), a small on with 0 veffective, and the actual bicone. The electic   Fri Jun 5 14:29:56 2020, Alex Patton, Daily GENETIS Update 6/5/20  Name Today's Update Plans for Monday Alex M. Helped Alex P try to figure out how to get data Amy was asking us to get for comparing antennas in AraSim. We've been stuck trying to figure out where all of the data is printed (there are a bunch of .cc files and quantities we aren't familiar with--for example, vmmhz in   Wed Jun 3 15:02:00 2020, Alex Patton, Daily GENETIS Update 6/3/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M. Talked with Alex about results from a run of small antennas where we decreased the grid spacing. The average gain plots look different, but I don't know yet if it's definitely resolved the problem because we're still getting a decent spread on the effective volumes. Helped Eliot   Tue Jun 2 13:42:21 2020, Alex Patton, Daily GENETIS Update 6/2/20  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M. Worked with Alex on trying to compare bicones to the ARA bicone. Met with Ben to give him some things to look over and told him to come to the meeting tomorrow at 1.   Mon Jun 1 15:21:03 2020, Alex Patton, Daily ELOG Update 6/1/2020  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M. Spoke with Evelyn and Ryan about the paperclip antennas. They found the github repository with the files and a README so they're getting started on learning about the algorithm and testing out the scripts. Once they play with it and can get it running they'll start running it   Wed May 27 15:00:28 2020, Alex Patton, Daily ELOG Update 5/27/2020  Name Today's Update Plans for Tomorrow Alex M. Met with Alex P. and Amy to think about how we can make sure the data coming from AraSim makes sense (specifically, to figure out why we're getting effective volumes of 0 on some antennas). Amy suggested we use a function in AraSim that let's us simulate identical events so   Fri May 22 11:25:47 2020, Alex Machtay, Daily ELOG Update 5/22/20  Name Update for today Plans for tomorrow Alex M Worked with Alex P on fixing a new issue that appeared in AraSim. We were getting effective volumes of 0 in generation 4, despite getting nonzero fitness scores in previous generations. We made a fix that seems to give *some* non-zero effective   Fri Sep 1 09:16:30 2023, Alex M, Curved Run With Realized Gain  We are beginning a new run with several improvements to the ARA VPol loop to try to evolve antennas that are optimally matched just by their geometry. To do this, we are evolving with the RealizedGain instead of just Gain in the Xmacros (thus taking into account impedance mismatch). We also have the speed up that parallelizes the AraSim jobs on each run. Attached is the run_details.txt file, but the GA parameters are subject to change. Here is what they   Mon Mar 6 00:07:32 2023, Dylan Wells, Current Status of PUEO and To Do List for Hackathon   I went through the current PUEO Loop  and documented everything that still needs to be accomplished before we can run. Everything is compiled in this Google   Mon Mar 15 13:05:22 2021, Alex M, Current Run  We are currently running the loop using the improved parameters. The parameters are as follows: 50 individuals 80/20 Roulette/Tournament 6% Reproduction, 72% Crossover, 22% Mutation Also note that individual 5 of generation 1 had its fitness score altered because one of its AraSim jobs didn't finish in time (and we would have had to wait 5 hours for it to rerun).   Mon Oct 24 16:07:22 2022, Dylan Wells, Creating the matching circuit design  The first part of designing the matching crictuit was choosing a frequency range to match over. We chose 100 MHz to 1000 MHz. The geometric mean of this range in 316.227 MHz, which is the ideal frequeny to match to. Then, we need the impedance of the antenna we are matching to.   Mon Dec 5 17:46:40 2022, Dylan Wells, Constraints on PUEO evolved antennas   Variables of Evolved Antennas Wall variables: S -- length of bottom of the walls m -- slope of the walls (currently set to 1)   Thu Aug 18 13:03:47 2022, Dylan Wells, Comparing inputs and outputs between AraSim and IceMC  Comparing Inputs: Frequency Lists: Ara - 83.33MHz - 1066.70 MHz, step = 13.33MHz   Tue Jun 28 13:27:13 2022, Dylan Wells, Changes needed for the matching circuit script  Fix the functions for the SLPC, SCPL, and PLSC L networks (change the paramaters to match with the format of our data) Write the PCSL function   Mon Jun 2 14:10:59 2025, Jacob Weiler, Building Status 06/02/2025  We are almost to where we can start the physical building of the antenna!  I've attached all the information I currently have regarding the building project. Some of it is messy work notes and some is well-structured. I’ve attached the following files for the GENETIS building project:   Mon Feb 13 14:56:57 2023, Jack Tillman, Building - Physics Plots for 9_50, 13_84, 18_89, 19_96, 29_87 Antennae  Physics plots were created for 300K events from the higher statistic simulation results for the 9_50, 13_84, 18_89, 19_96, and 29_87 antennae.  The simulation was inaccurate because a discrepancy exists between the higher simulation physics plots and the physics plots created for the 300K event results currently in the GENETIS Loop. This can be seen in the attached pdf file.    Thu Jul 6 14:52:09 2023, Jack Tillman, Building - Matching Circuit Schematic, PCB, and components  Attached are images of the matching circuit schematic and PCB design. A parts list is also attached in .pdf and .csv format. The .csv format can be imported into Digikey if necessary.   Table of component values:   Fri Feb 10 15:55:53 2023, Jack Tillman, Building - Matching Circuit PCB  I've completed laying out the PCB for the 14-rung matching circuit. Attached are png files of two PCB designs. One uses LPS5050 inductors while the other uses LPS6235 inductors. The dimensions shown are in millimeters.    Tue Jan 31 11:30:54 2023, Audrey Zinn, Building  Attached are the XF files for the top 5 individuals from the 2022_12_29 crazy sides run. In order from best to 5th best:  1: Gen 29 Indiv 87 2: Gen 19 Indiv 96   Wed Feb 6 17:28:29 2019, Julie Rolla, Bicone User Manual (w/ links to Dipole work)  Hi all,    The working copy of the user manual can be found here: https://www.overleaf.com/6955763886pjtkckprxsyp   Thu Nov 7 16:55:00 2019, Cade Sbrocco, Archiving Old Genetis Manual      Wed Apr 3 16:38:07 2019, Julie Rolla, AraSim update                                                          General update The following were the fixes we made to make AraSim run:   Mon Feb 20 12:33:20 2023, Dennis H. Calderon, AraSim Simulations for Top 5 Antennas (12/2022) with Higher Stats  AraSim Simulations for Top 5 Antennas from 12/2022 Run with 3 million simulated events Simulated using Arasim version currently used in GENETIS Loop /fs/ess/PAS1960/BiconeEvolutionOSC/AraSim/   Tue May 21 09:55:57 2024, Jacob Weiler, AraSim CSE Spring 2024 Work  # AraSim CSE Spring 2024 Work ## Goals  The main goal was to get a working multithreaded version of the AraSim codebase working. Doing this, the hope was to learn how to multithread the   Fri Mar 25 17:14:01 2022, Alex M, Antenna Minimum Length Investigation  The reviewer of the paper we are trying to publish (as well as other external colleagues we showed the paper to) asked about our minimum length we implemented in the loop. Currently, we cut off the length at a minimum of 37.5 cm for each cone (minimum of 75 cm for the full cone). There is an ELOG post from Amy that presented the reasoning for this ( http://radiorm.physics.ohio-state.edu/elog/GENETIS/81 ). We initially thought that we needed a minimum because   Thu Dec 5 14:32:54 2019, Julie Rolla, Adding Constraints To-Do List  In my last post, I mentioned (1) our to-do list for adding the ARA hole constraints, and (2) that we've made a mistake upon implementing it. I've attached detailed steps of that to-do list that I've written, as well as an explanation for the correction that is currently being worked on. Please see the pdf attached for an explanation of corrections.    Tue Apr 11 00:36:49 2023, Bryan Reynolds, AREA physics of results plot first look  After some work, I've gotten the physics of results plotting script provided by Dennis working to compare the ARASim outputs from an AREA run to a set of reference data for the ARA bicone (provided by Alex). Among the outputs is a histogram of of events triggered vs cos(theta_nu) (attached here). This is the plot that was previously presented in GENETIS talks in the physics of results discussion.   Thu May 11 15:57:08 2023, Ryan Debolt, Byran Reynolds, AREA Updates  Here is some backlogged information as well as recent updates to our progress on AREA and its optimizations: 4/13/2023 We concluded our initial test of the AREA optimization loop. While analyzing our results, we noticed that most of our runs never reached our   Fri Apr 8 16:06:31 2022, Aidan Snyder, AREA - frequency linear dependence correlation test run - 04/05/2022   Run Type AREA Run Date 04/05/2022 Run Name 20220405fahimi5run2 Why are we doing this run? to see if the linear dependence on frequency was properly implemented What is different about this run from the last? Under closer examination, the previous run of AREA appeared to not linearly depend on frequency, so we recompiled   Fri Feb 11 16:34:54 2022, Aidan Snyder, AREA - frequency linear dependence correlation test run - 01/18/2022  Run Type AREA Run Date 01/18/22 Run Name 20220118fahimi5run1 Why are we doing this run? to see if the linear dependence on frequency was properly implemented What is different about this run from the last? attempted to evolve gain pattern as a linear function of frequency Symmetric, asymmetric,   Tue Apr 19 17:46:07 2022, Aidan Snyder, AREA - Short run testing stringReplacement2.py - 04/19/2022  Run Type AREA Run Date 04/19/22 Run Name 20220419fahimi5run1 Why are we doing this run? Check to see if stringReplacement2.py changes were successfull What is different about this run from the last? added below code in order to create a fitness file inside of each generation to display the fitness scores for just   Tue Jan 31 15:31:29 2023, Alex M, ARA Bicone Responses  Here we will record where we obtained the ARA bicone antenna response files we use as our baselines. We want to record where we found them/who gave them to us and how they were generated (either through simulation or from actual tests).   Tue Jul 2 13:16:30 2019, Julie Rolla, APS slides  The following are links to the 2018 and 2018 APS slides. 2018 APS talk:   Mon Mar 20 12:37:38 2023, Amy, ANITA/PUEO pictures  Here are some ANITA/PUEO pictures that I received from Christian Mike that might be helpful.  I include his descriptions as well. The one with the black crates in the background is the  ANITA 1 and ANITA 2 form factor and the one in the anechoic chamber is the ANITA 3 and ANITA 4 form factor. I dimensioned out an ANITA 3/4 antenna, in CAD space, to give you a better idea of the ridge profile. The ANITA 1/2 CAD models   Thu Jul 2 23:13:05 2020, Amy , A useful reference on bicone antennas  I found this datasheet on bicone antennas, that is a useful reference for seeing the relationship between bicone dimensions and bandwidth.  From these it looks like the lower end of the band is at about f_low=c/(4*L_E), where L_E is the entire length of the antenna (twice the length of one cone), although we'd expect the peak gain to be where a quarter wavelength is just one of the cones (and the figure may roughly support that).   Tue Mar 5 16:36:51 2019, Julie Rolla, 3/5 Task Updates  Tue Mar 5 17:29:02 2019   The things we worked on this week is in bold. Below the bold items is a description of exactly what we   Mon Nov 8 17:04:30 2021, Ethan Fahimi, 11/04/2021 AREA run 2 violin plot  This is a plot made from the AREA project with full Arasim implementation with each gain pattern of each individual being fixed across all frequencies. This run was done with 50 total individuals per generation, across 36 generations. Each individual was tested with 4 seeds of 10,000 neutrinos, for a total of 40,000 neutrinos. For each new generation, 25 individuals were created with roulette crossover, 8 with roulette mutation, 9 with tournament   Fri Sep 17 13:41:36 2021, Ethan Fahimi, 07/20/2021 AREA run 3 violin plot  This is a plot made from the AREA project with full Arasim implementation. It can be seen that the Veff of any individuals is not what I would consider "good", nor is it really rising, it is quite flat. This is because in this version of AREA, the gain pattern at each frequency is generated differently than each other frequency, there is no correlation. This is known and actively being corrected. This plot is of old data and was just made for two reasons:   Mon Nov 8 17:27:01 2021, Ethan Fahimi, 07/20/2021 AREA run 3 violin plot  This is a plot made from the AREA project with full Arasim implementation with each gain pattern of each individual being fixed across all frequencies. This run was done with 50 total individuals per generation, across 36 generations. Each individual was tested with 4 seeds of 10,000 neutrinos, for a total of 40,000 neutrinos. For each new generation, 25 individuals were created with roulette crossover, 8 with roulette mutation, 9 with tournament   Tue May 9 18:09:35 2023, Alex M, 05/08/23 Pueo Run   Here are the run details for the latest PUEO run we've started. There are still some bugs that need to be worked out, which are detailed on the github. Here is the directory where the data is stored: /fs/ess/PAS1960/HornEvolutionOSC/GENETIS_PUEO/BiconeEvolution/current_antenna_evo_build/XF_Loop/Evolutionary_Loop/Run_Outputs/2023_05_08 This run uses 50 individuals per generation with 400k neutrinos per individual at an energy exponent of 19. Only the inner side length and outer   Wed May 20 10:58:38 2020, ,   Today's Summer 2020 daily update: As a note, today OSC was down so productivity was more limited Name Update for Today Plans for Tomorrow Alex M. Mostly just wrote more on the paper in the Genetic Algorithm section. I added some citation that we used in ICRC but there are

Goto page 1, 2, 3 ... 11, 12, 13

ELOG V3.1.5-fc6679b